در اين بحران، مير حامد حسين شمع فروزان علوم اسلامى را در دامن خود پنهان كرده، از حوادث روزگار در امان نگاه داشته، و در حال پيشرفت كارهاى علمى خود بود. وى كتابخانه‌اى باارزش بنا كرد، دائرة المعارف عظيمى درباره اختلافات شيعه و سنى نوشت، و راه جديدى براى بحث و تحقيق پيدا كرد. علوم روايت و درايت را تا حد اجتهاد گسترش داد، مناظره و استدلال را احيا كرد، و در فن تحرير و اظهارنظر در روايات روش جديدى را پيش گرفت.[١]

علامه شيخ آقا بزرگ تهرانى مى‌نويسد:

«كتابهاى باعظمت او، درياى ژرف‌انديشى و باريك‌بينى را پرموج كرده است و هركس به آثارش بنگرد، درمى‌يابد كه او درياى بيكرانى است كه ساحل ندارد».[٢]

مدرس خيابانى مى‌نويسد:

«برخى از بزرگان تصريح كرده‌اند كه تأليفات وى، به ٢٠٠ جلد مى‌رسد».[٣]

تأليفات وى بجز عبقات، عبارتند از:

١. استقصاء الافهام و استيفاء الانتقام: اين كتاب، در ١٠ جلد و به فارسى است، و مدت شش ماه تأليف آن طول كشيد. اين كتاب ردى بر كتاب منتهى الكلام حيدر على فيض آبادى حنفى است كه در رد شيعيان و در موضوع تحريف قرآن و وجود امام زمان نگاشته شده بود. فيض آبادى مى‌پنداشت كه كس را توانايى پاسخگويى به كتابش نيست و ادعا كرده بود كه اگر همه شيعيان از پيشين و پسين گردهم آيند، نمى‌توانند به كتابش پاسخ دهند. اما مير حامد حسين، اين فرزند

[١]. مرتضى حسين، مطلع انوار، ص ١٧٩.

[٢]. تهرانى، نقباء البشر، ج ١، ص ٣٤٩.

[٣]. مدرس خيابانى، ريحانة الادب، ج ٣، ص ٤٣٢.