سرانجام آن عالم بزرگ، پس از عمرى مجاهدت و كوشش در راه اعلاى كلمه دين، در تاريخ ٢٠ محرم الحرام ١٣٤٤ ه. ق بدرود حيات گفت و پيكر پاكش از نياوران شميران تا شهر رى بر روى دستان بيش از ٢٠ هزار نفر از مردم كه قاطبه علما و رجال دولت و نايب السلطنه محمّد حسن ميرزا، برادر احمد شاه قاجار تشييع و در حرم مطهر حضرت عبد العظيم حسنى عليه السّلام در كنار قبر آيت اللّه حاج ملاعلى كنى به خاك سپرده شد.[٢]

آيت اللّه صافى گلپايگانى درباره ايشان مى‌گويد:

همان موقع شنيدم كه در مجلس فاتحه و بزرگداشت ايشان، محمّد حسن ميرزا شركت كرده بود و به احترام حاج شيخ، در تمام مدت حضورش در مجلس ايستاده بود و هرچه به او اصرار به نشستن مى‌كردند، نپذيرفت.

آيت اللّه سيد حسين بدلا، درباره وفات معظم‌له مى‌گويد:

«فراموش نمى‌كنم كه وقتى جناب آقا به بستر بيمارى افتاد، دشمنان اسلام پيوسته در ميان مردم شايع مى‌كردند كه ايشان از دنيا رفته است. شايد هدفشان اين بود كه در روز فوت ايشان، مردم باز هم آنرا دروغ بپندارند و براى تشييع جنازه حاضر نشوند، ولى همان روز كه ايشان در روستايى واقع در شميران نياوران درگذشت به سرعت خبرش در همه‌جا منتشر شد و مردم دسته‌دسته از روستاهاى اطراف به سمت نياوران حركت كردند و

[١]. رازى، گنجينه دانشمندان، ج ٤، ص ٥٨٨؛ مرعشى نجفى، الاجازة الكبيرة، ص ٩٤؛ فلسفى، خاطرات و مبارزات، ص ١١٩.

[٢]. رازى، گنجينه دانشمندان، ج ٤، ص ٥٨٨؛ اختران فروزان، ص ١٠٨.