فرزند او جناب آقاى حاج شيخ كاظم آيتى، از روحانيون بيرجند مى‌باشد و دامادهايش عبارتند از: برادر زاده‌اش مرحوم آيت اللّه حاج شيخ محمّد حسين نابغ آيتى (شخصيت علمى بيرجند در زمان معاصر) و استاد فقيد مرحوم حجة الاسلام دكتر محمّد ابراهيم آيتى، نويسنده تاريخ اسلام، بررسى تاريخ عاشورا، گفتار ماه، تاريخ اندلس، و چند كتاب ديگر بوده‌اند.

وى در شب جمعه، پنجم ذى القعده ١٣٩٢ ه. ق بدرود حيات گفت و در اغلب شهرهاى خراسان و حوزه علميه قم و حتى از سوى حكومت وقت در مسجد سلطانى مراسم بزرگداشت مقام علمى‌اش برگزار گرديد.[١] و حوزه قم در غم فقدانش، يك روز تعطيل شد.

همچنين فرزندان ديگر علّامه بيرجندى؛ يعنى شيخ محمّد تقى و شيخ محمّد حسن نيز از جمله فضلا بوده‌اند.

درگذشت‌

سرانجام آن مرد بزرگ، پس از عمرى تلاش و كوشش در راه اعلاى كلمة حق، در شب جمعه ١٤ ذيحجة الحرام سال ١٣٥٢ ه. ق در ٧٦ سالگى چشم از جهان فروبست. پيكر او را در مدرسه معصوميه غسل دادند. و پس از تشييعى كم‌نظير، در مقبره مخصوص خويش به خاك سپردند. به دنبال اعلام خبر وفاتش، در بيشتر شهرهاى ايران مجالس يادبودى برگزار شد و حوزه علميه قم به سوك نشست و آيت اللّه مرعشى در مدرسه فيضيه مجلس باشكوهى منعقد ساخت.[٢]

[١]. رازى گنجينه دانشمندان، ج ٣، ص ٢٦٧؛ سعيد زاده، بزرگان قائن، صص ٣٦٧- ٣٧٧؛ تهرانى، نقباء البشر، ج ٢، ص ٨٩٠.

[٢]. مرعشى، المسلسلات، ج ٢، ص ١١.