سرانجام آن خدمتگزار راستين دين و مذهب، پس از عمرى تلاش و كوشش در راه اعلاى كلمه حق و احياى شعائر دينى، در صبحدم روز يكشنبه ١٦ شوال ١٣٥١ ه. ق در ٦١ سالگى چشم از جهان فروبست، و جهان علم و تقوا را به سوك نشانيد. با پخش خبر وفات آن مرد بزرگ، شهر نجف متلاطم و بازارها و در؟؟ ها تعطيل گرديد. با تشييعى باشكوه- همراه با عزادارى پرشور مردم و افراشتن پرچمهاى عزا- آن آيت خدا در كنار مرقد پدر بزرگوارش به خاك سپرده شد. شعرا در ايران و عراق در رثايش اشعار فراوانى به فارسى و عربى سرودند، و مجالس بزرگداشت او تا مدتها ادامه يافت. مرحوم شيخ حسن سبتى در ثبت تاريخ وفات وى، عبارت «اب مات الكتاب بموته» را كه سال ١٣٥١ ه. ق مى‌باشد، اين چنين آورده است:[١]

قدغاب (عبد اللّه) من‌		احيا العلوم بوقته‌
ناع نعاه فقد نعى‌		(حسنا) اباه بصوته‌
فقضى لنا ارخ «اب‌		مات الكتاب بموته»

مرحوم حاج شيخ على اكبر مروج الاسلام خراسانى در تاريخ وفات ايشان گفته است:[٢]

خواستم سال فوت ابن الشيخ‌		كه فزون است قدرش از توصيف‌
نادب آمد برون به گريه و گفت‌		(بجنان رفت صاحب تأليف)

[١]. تهرانى، نقباء البشر، ج ٣، ص ١١٩٧؛ آل محبوبة نجفى، ماضب النجف و حاضرها، ج ٣، ص ٢٥٧؛ حرز الدين نجفى، معارف الرجال، ج ٢، ص ٢٢.

[٢]. مروج الاسلام خراسانى، هدية المحصلين( فى علم الدراية)، ص ٣٩.