در شيراز، علما و مردم به رهبرى آيت اللّه سيد على اكبر فال اسيرى، در تبريز به رهبرى آيت اللّه ميرزا جواد آقا مجتهد، در اصفهان به رهبرى آيت اللّه حاج شيخ محمّد تقى آقا نجفى، در سبزوار به رهبرى آيت اللّه حاج ميرزا ابراهيم شريعتمدار، در يزد به رهبرى آيت اللّه آقا مير سيد على مدرس و از همه مهمتر، در تهران- كه مركز اين غائله بود- مردم و عالمان دينى به رهبرى آيت اللّه ميرزا محمّد حسن آشتيانى قيام كردند و الغاى رژى را از شاه خواستند. خانه اعلم علماى تهران، هر روز و شب محل گردآمدن مردم و علماى معترض به اين قرارداد ننگين بود. وى با شاه و صدراعظم- امين السلطان- بارها گفتگو كرد و پيام فرستاد، و زيانهاى ناشى از اعطاى امتياز را برشمرد و خواستار لغو آن شد. اما آنان براى شنيدن چنين سخنانى گوش شنوا نداشتند و به بهانه آنكه امضاى شاه معتبر و طرف قرارداد در حقيقت دولت انگليس است، از لغو امتياز سرباز زدند. پس مخالفت علماى بلاد (به ويژه در اصفهان، كه مرحوم آقا نجفى و برادرش مرحوم ثقة الاسلام، حكم به تحريم تنباكو نمودند) و ميرزاى آشتيانى ادامه يافت و نامه‌هاى بسيار و تلگرافهاى پى‌در پى از تمام شهرها به سوى ميرزاى شيرازى فرستاده شد تا جايى كه كار به صدور حكم تحريم استعمال تنباكو از سوى ميرزاى شيرازى منجر شد (ربيع الثانى ١٣٠٩ ه. ق). شيخ حسن كربلايى مى‌نويسد:

«... بالجمله در اواخر ماه ربيع الثانى همين سال، زمان مهلت تنباكو فروشان نيز منقضى گرديد، كمپانى امتياز در آن شب، كه به خيال خود از فردا بى‌هيچ مانعى هم‌آغوش مقصود خود خواهد شد، از فرط آن نشاط و انبساط و كمال شوقى كه داشت، در سراى خود مجلس جشنى خيلى با