آيت اللّه سيد محمّد فشاركى در سال ١٣١٢ ه. ق- پس از درگذشت استادش ميرزاى شيرازى- به كربلا بازگشت، و در مدرسه حسن خان به تدريس خارج فقه و اصول پرداخت تا زمانى كه به او پيشنهاد مرجعيت و رياست شيعه شد و او براى فرار از بار مرجعيت، در سال ١٣١٤ ه. ق به نجف اشرف هجرت گزيد. با ورود وى به نجف اشرف، شور و نشاطى در حوزه علميه پديد آمد و طلاب همگى به درس وى روآوردند، به گونه‌اى كه درسهاى ديگر استادان به كمى و خلوتى گراييد و اثر شكست در آنها ظاهر شد.[١] علامه شيخ آقا بزرگ تهرانى تعداد شركت‌كنندگان درسش را حدود ٣٠٠ تن برآورد كرده است. در اين ميان، نقش مرحوم آخوند خراسانى نيز قابل‌توجه است. ايشان شاگردان خويش را به شركت در درس مرحوم فشاركى بسيار تشويق مى‌نمود، و حتى براى فشاركى مبالغى مى‌فرستاد تا در ميان شاگردانش تقسيم نمايد. و اين كمال عظمت و بزرگى مرحوم آخوند و شكوه مقام علمى آيت اللّه فشاركى را نشان مى‌دهد.

وى در آغاز به تدريس در خانه خود پرداخت، سپس محل تدريس را به مقبره ميرزاى شيرازى و پس از چندى به علت ازدحام و كثرت جمعيت شاگردان، به‌

[١]. تهرانى، نقباء البشر، ص ١٣٤؛ اصفهانى، وقاية الاذهان، ص ١٤٤.