مرحوم آيت اللّه فشاركى پس از ٢٢ سال تحصيل علوم دينى در كربلا، به سال ١٢٨٦ ه. ق براى درك مجلس درس آيت اللّه ميرزا محمّد حسن شيرازى كه پس از وفات شيخ مرتضى انصارى رياست علمى و مرجعيت جهان تشيع بدو محول شده بود به نجف اشرف مهاجرت كرد و تنها در محضر آن مرد بزرگ حاضر شد و آنى از او جدا نشد.[١] در سال ١٢٩١ ه. ق بود كه به دنبال مهاجرت ميرزاى شيرازى به سامرا و تشكيل حوزه علميه در آن شهر، مرحوم فشاركى نيز به سامرا رفت و در شمار برترين شاگرد و مشاور و گنجينه اسرار مرحوم ميرزا قرار گرفت.

وى اين درسها را با يار و صديق ديرينه و اخوالزوجه‌اش آيت اللّه ميرزا محمّد تقى شيرازى مباحثه مى‌كرد. حضور او در اين درسها چه در نجف و چه در سامرا، براى ديگر شاگردان ميرزا بسيار مغتنم بود، زيرا مرحوم فشاركى اين درسها را براى ديگران تقرير مى‌كرد و مشكلات و نقاط ابهام را براى آنان روشن مى‌ساخت.

مرحوم آيت اللّه اراكى فرموده است:

ميرزاى شيرازى جملات مبهمى را در درس مطرح مى‌فرمودند و طبقه سفلى از مبهمات ايشان چيزى متوجه نمى‌شدند، الا موقعى كه سيد محمّد فشاركى در درس حضور داشت، و سؤالاتى مطرح مى‌كرد، و مقدارى از ابهام بيرون مى‌آمد، و براى طبقه سفلى منشرح و منبسط مى‌شد؛ و هرگاه سيد محمّد فشاركى نبود، اجمالها و مبهمات ميرزا روشن نمى‌شد.[٢]

به گفته آيت اللّه سيد موسى شبيرى زنجانى:

[١]. اصفهانى، وقاية الاذهان، ص ١٤٣؛ معلم حبيب آبادى، مكارم الآثار، ج ٤، ص ١٤٣٦.

[٢]. ويژه نامه روزنامه جمهورى اسلامى« حماسه فتوا»، اسفند ١٣٧٠، ص ٧.