سرانجام، آن فقيه، مرجع و رئيس مطلق قم، در روز شنبه سوم ماه صفر الخير سال ١٣٠٣ ه. ق، در ٦٣ سالگى بدرود حيات گفت. پس از آنكه آيت اللّه حاج سيد صادق قمى بر پيكر پاكش نماز خواند، در قبرستان شيخان در بقعه ثقه جليل القدر زكريا بن آدم اشعرى نزد قبر پدر و جدش، مدفون گرديد و عالمى از علم و عمل را با خود به خاك برد.[٢]

محدث قمى (ره) درباره آن فقيه سعيد مى‌نويسد:

«ما بين قبر اين دو بزرگوار- زكريا بن آدم و ملا محمّد طاهر قمى- است، قبر سيد سند و ركن معتمد فحل الفقهاء العظام و مروج الشريعة والاحكام، السراج الوهاج، ذوالطبع الوقاد، سيدنا الاجل آقاى حاجى سيد جواد قمى صاحب تصانيف رايقه و فضائل و مناقب فايقه. در زمانى كه اين احقر كوچك بودم، آن بزرگوار از دنيا رحلت فرمود. و جلالت شأن و عظمت قدر آن بزرگوار بسيار است».[٣]

[١]. رحيمى، گنجينه دانشوران، ص ٢٠٩؛ مقدس‌زاده، رجال قم، ص ١٣٧.

[٢]. ناصر الشريعة، تاريخ قم، ص ٢٥٥؛ مقدس‌زاده رجال قم، ص ٩٨

[٣]. قمى، فوائد الرضويه، ص ٥٤٨.