مدفن شريفش در محله عماره‌[١] جنب مسجد شيخ طوسى‌[٢] مسجدى كه در آن سالها اقامه جماعت و تدريس مى‌فرمود.[٣] باقبه عالى و بقعه شكوهمند زيارتگاه شيعيان است.

عبد الحسين جواهرى (د. ١٣٣٥ ه. ق) در رثا و تاريخ ارتحال آن بزرگوار چنين سروده است:

ذامر قدالحسن الزاكى الذى اندرجت‌		اسرار احمد فيه بل سرائره‌
اودى و مذأ يتم الاسلام ارخه‌		«بين الانام يتيمات جواهره»[٤]

سيد حسين بروجردى نيز در رحلت صاحب جواهر مرثيه‌اى سروده كه ابياتى از آن بدين قرار است:

ثم محمّد حسن بن الباقر		شيخ جليل صاحب الجواهر
عنه استفدنا برهة مما سلف‌		كان وفاته «علا ارض النجف»[٥]

افزون بر سيد حسن بحر العلوم، شيخ درويش بغدادى حائرى (د. ١٢٧٧ ه. ق)، شيخ ابراهيم صادق عاملى (د. ١٢٨٨ ه. ق)[٦] و سيد حيدر حلى‌[٧] در رثاى آن عالم جليل و بزرگداشت مقام والاى علمى او قصايد جداگانه‌اى سروده‌اند.

[١]. قمى، الفوائد الرضوية، ص ٤٥٤.

[٢]. موسوى خوانسارى، روضات الجنات، ج ١٨٢، در كنار اين مسجد شيخ طوسى و علامه طباطبايى بحر العلوم نيز مدفونند.

[٣]. حرز الدين نجفى، معارف الرجال، ج ٢، ص ٢٢٨؛ بروجردى، نخبة المقال فى علم الرجال.

[٤]. تهرانى، كرام البررة، ج ١، ص ٣١٣؛ مدرس خيابانى، ريحانة الادب، ج ٢، ص ٤٢٠؛ اين قصيده را بر مرقد آن عالم جليل نصب كرده‌اند.

[٥]. عليارى، بهجة الآمال، ج ٦، ص ٣٠٩

[٦]. حرز الدين نجفى، معارف الرجال، ج ٢، ص ٢٢٩.

[٧]. حلى، ديوان سيد حيدر حلى، صص ٧٨- ٧٩.