قرن پنجم و ششم،دوره قدرت اسماعيليه است كه با ساير فرق اسلامى در مبارزه و مجادله بودند و عده‌اى از دانشمندان بدين مذهب گرويدند و بناى جدال را با دانشمندان ديگر در مورد جانشينى حضرت صادق(ع)گذاردند و مسائل مختلف مذهبى را مورد نقد و بحث قرار دادند و چون در تفسير و تأويل آيات متوسل بباطن ميشدند،بنائى ديگر جهت تفسير آيات و تأويل اخبار اسلامى مى‌گذاردند و منطق و كلام جديدى بوجود آوردند،از جمله دعات اسماعيليه«ناصر خسرو قباديان»معروف به«حجت خراسان»و حكيم و متكلم است.ديگر«احمد بن عبد الملك عطاش و پسر ويست كه به نشر عقايد اسماعيليه پرداخته‌اند.

ديگر«حسن صباح»است كه خود يكى از دانشمندان بزرگ و داعى الدعات اين فرقه و مؤسس فرقۀ صباحيه است.ديگر «مسعود زورآبادى»از فحول علماى خراسان است.

در اين دوره‌ها يعنى قرن پنجم تا هفتم در اثر قدرت يافتن علماء دين وضع علوم عقلى و منطقى درهم شد و عده‌اى علم مخالفت با اين گونه مباحث بر افراشتند و اين امر شايد نتيجۀ همان زياد روى فرقۀ اسماعيليه و ملاحدۀ ديگر در مورد توجه به باطن و كلام و فلسفه بوده است،بدين معنى كه در مقابل فرقۀ اسماعيليه كه اهل باطن بودند و متوسل بتأويل و تفسير ميشدند،علماء و فقهاء ديگر بظواهرآيات و اخبار توسل جسته و مردم را از تأويل و تفسير منع ميكردند و اين راهى بود كاملا مخالف با راه علوم عقلى و منطقى و بدين جهت گمان ميكردند كه هر كس به علوم عقلى و فلسفى آشنائى داشته باشد، مسائل دينى را از راه ظاهر منحرف كرده و متوسل به باطن ميشود و يا علت و فلسفه وجودى احكام عبادى و تجارى را جويا ميشود در هر حال اين دوران دوران انحطاط علوم عقلى و منطقى است.

مدارسى مانند مدرسۀ«سيد تاج الدين» در شهر رى،مدرسۀ«شمس الاسلام»و مدرسۀ«اثير الملك»و«سيد عز الدين مرتضى»در قم و نظاميۀ بغداد و نيشابور نظاميۀ بصره،نظاميۀ اصفهان و نظاميۀ مرو و مدارس ديگرى در شهر نيشابور و گرگان و اصفهان و همدان و خراسان و غيره تنها بعلوم عقلى و احاديث توجه ميشد و كسانى كه بدنبال علوم عقلى ميرفتند متهم بكفر و زندقه ميشدند چنانكه «شيخ الرئيس ابو على سينا»و شاگردانش را نيز بالحاد متهم كردند و حتى متكلمان را هم بكفر و الحاد نسبت ميدادند.

در هر حال از حكماء اين عصر بايد نام چند تن را ذكر كرد كه در علوم منطقى نيز تحقيقات و شروح و حواشى دارند از جمله:

١-سهروردى:شيخ شهاب الدين عمر سهروردى(٦٣٢ م)كتابهائى تأليف كرده است از جمله رشف النصائح الايمانيه و كشف الفضائح الايوانيه و اين غير از شهاب الدين معروف است.وى چنانكه از عنوان كتابش معلوم است با آنكه خود