عبارات نائينى در كتاب تنبيه الامه است، كه چنانچه در صدر و ذيل و خصوصاً شأن صدور آن عبارات نيك دقت شود درمى‌يابيم نه تنها دلالتى بر اين مدعا ندارند، بلكه نافى آنند. ايشان مى‌نويسد:

«يكى ديگر از شواهد رويكرد عقل‌گرايى نزد نائينى، ديدگاه او در زمينه قلمرو دين و شريعت است. او [ در تنبيه الامه [به ضرورتِ رعايتِ اصل تساوى در اجراى همه قوانين از جمله قوانينى كه «براى ضبط رفتار متصديان و تحديد استيلا و تعيين وظايف آنان» وضع شده و يا سياسات «عرفيه محضه كه حفظا للنظام مقرر شده» تأكيد مى‌كند. آن گاه در پاسخ به اين شبهه كه «اگر قوانين مذكوره مطابق اسلام است با اختلافات مشهوده در ابواب مذكوره، چگونه تساوى ممكن و اگر مخالف بااسلام است، چگونه ممكن است قانونيت به هم رساند؟» مى‌گويد:

«بنا بود قوانين و دستورات موضوعه براى تحديد استيلا و ضبط اعمال متصديان، مخالف اسلام نباشد، نه آنچه احكام اسلام است از ابتداى كتاب طهارت تا آخر ديات در طىّ سياسات نوعيه، جزء دستور العمل متصديان و مسئولٌ عنه آنان شود. گويا مَثَلِ معروف «هر گردكانى گرد است، نه هر گردى گردكان» كه در طفوليت براى تمرين كودكان تعليمشان مى‌كنند، به واسطه شدّت غَرَضانيّت و غلبه هوا و طبع بر قلوب، فراموش شد».

نائينى همچنين در مقام دفاع از وضع قانون، به طرح شبهه ديگرى از