مخالفت شديد با انديشه‌ها و افكار سيد احمد خان بوده است، به گونه‌اى كه تحليل گران روشنفكرى معاصر، آن دو را در دو نحله متفاوت جريان روشنفكرى دينى جاى مى‌دهند. (٢٢)سيد جمال در ردّ انديشه‌هاى سيد احمد خان مقالات و كتب متعدد نوشت و در يكى از آثار خود، او را تحريف گر قرآن، مروّج دين زدايى، سرسپرده و دردانه انگليس و دجّال آخر الزمان ناميد. (٢٣)شهيد مطهرى در يادداشت‌هاى خود چنين مى‌نگارد:

«اين جهت به عقيده ما از امتيازات بزرگ سيد جمال است كه سيد جمال طرفدار احياء و اصلاح تفكر دينى و ضرورت بازگشت به منابع اصلى اسلام و اسلام حقيقى و راستين [است]. اسلامى را كه سيد احمد مى‌خواهد با تأويلها و توجيهات و نفى جنبه‌هاى ماوراء الطبيعى آن و انكار معجزات و تبديل كردن اسلام به يك مكتب مادى دنيا گرا بسازد، اسلامى را كه سيد احمد مى‌خواهد الگوى تعليم و تربيت را يكسره فرنگى و غربى كند، سخت در هم مى‌كوبد. اين جهت، نمايانگر اعتدال فكرى سيد جمال است. خلاصه مقابله سيد جمال با سر سيد احمد خان بيش از اين بايد مطالعه شود و از مفاخر سيد است». (٢٤)

(٢٢) مسعود پدرام، روشنفكران دينى و مدرنيته، ص٥٣ و ٥٦، انتشارات گام نو، تهران، ١٣٨٣، چاپ دوم.
(٢٣) العروة الوثقى، ص٤٤٦.
(٢٤) مرتضى مطهرى، يادداشت هاى استاد مطهرى، ج١، ص١٥٩، انتشارات صدرا، قم، چاپ دوم، ١٣٧٩.