وقد واجهت هذه الجماعة وغيرها من الجماعات الإسلاميّة عدة انشقاقات بسبب هذه الخلافات وأمثالها ، وقد حاول "أجر الدين إقبال" مع جماعة آخرين إصلاح ذات البين، والحفاظ على الوحدة ، لكنّ جهودهم لم تؤثّر كثيراً في إصلاحات الانشقاق والتشرذم.

كانت هذه الصراعات هي أوّل ما لفت نظر "أجر الدين إقبال" إلى قضيّة الخلاف بين السنّة والشيعة ممّا دعاه إلى مطالعة الكتب التاريخيّة من أجل استجلاء جذور هذه الخلافات ، وكانت نتيجة بحوثه اكتشافه لدور أهل البيت(عليهم السلام)في الحفاظ على الإسلام، والدفاع عنه، وتوصية الرسول(صلى الله عليه وآله وسلم) في التمسّك بهم، وجعلهم عدلا للقرآن الكريم .

اعتناقه لمذهب أهل البيت(عليهم السلام):

تحاور "أجر الدين إقبال" خلال فترة وجوده في الجامعة مع الكثير من شباب الشيعة المثقّفين، حيث كان يعيش معهم في الأقسام الداخليّة ، وكان يحضر معهم في المساجد والحسينيّات ممّا زاد من توجّهه إلى عقائد الشيعة وشعائرهم الدينيّة ، وقد حدى به ذلك إلى إعلان تشيّعه وولائه المطلق لأهل البيت(عليهم السلام).

نشاطاته الدينيّة:

يعتبر "أجر الدين إقبال" من الشخصيّات الفعّالة في الساحة الجهاديّة والثقافيّة ، وقد سخّر الكثير من نشاطاته لخدمة الشعب الأفغانيّ، ولخدمة مذهب أهل البيت(عليهم السلام).

وكان نشاطه الأكبر هو الوقوف ضدّ الغزو الشيوعيّ، لبلاده في كلّ المجالات ، وأوّلها هو النشاط الثقافي الفعّال في الصحف والمجلاّت وتأليف وترجمة الكتب الثقافيّة والعقائديّة الإسلاميّة التي توضّح عمق الدين الإسلاميّ،