در ١٣٥٣/ ١٩٧٤ اتهام بمب‌گذارى در كشورهاى يكديگر و موانع موجود در امور ماهى‌گيرى است. برخى از اين مشكلات حل شده ولى برخى ديگر چون كنار گذاشتن آزمايش‌هاى هسته‌اى دو كشور و مسأله كشمير لاينحل باقى مانده است.
پاكستان با افغانستان اختلاف مرزى دارد. به علاوه، پشتون‌هاى افغانى، خواهان پيوستن پشتون‌هاى پاكستانى به افغانستان يا خودمختارى آنان هستند. مهاجران افغانى نيز يكى از مشكلات عمده در روابط دو كشور است. اين كشور از اعضاى مؤثر در سازمان ملل متحد، سازمان كنفرانس اسلامى، عدم تعهد، همكارى منطقه‌اى جنوب آسيا (سارك) و سازمان همكارى اقتصادى اكو است. در مورد فلسطين نيز، همواره خواستار اعطاى حق تعيين سرنوشت به آنان است.
سرزمين پاكستان، در دوره حكومت هخامنشيان، غزنويان و ... جزئى از ايران بود. به همين جهت زبان، ادب و فرهنگ فارسى به اين سرزمين گسترش يافت. هم‌چنين، دين اسلام بيشتر توسط ايرانيان در آن سرزمين رواج يافت. مرزهاى فعلى ايران و پاكستان، در پى مذاكرات ١٢٤٩ و ١٢٥١/ ١٨٧٠ و ١٨٧٢ ايران و انگليس تعيين، و براساس يك قرارداد متقابل در ١٣٣٧/ ١٩٥٨ تثبيت گرديد. ايران اولين كشورى بود كه جمهورى اسلامى پاكستان را در ١٣٢٦/ ١٩٤٧ به رسميت شناخت و دو سال بعد، عهدنامه مودت با آن كشور را به امضا رساند. شاه ايران نخستين رئيس كشورى بود كه بعد از استقلال و نيز پس از خاتمه‌ مسائل منطقه‌اى ايران ١٩٣ ٢ - ٣ - ٥ - ساختار سياسى ص : ١٩٣ جنگ داخلى بين پاكستان شرقى و غربى به پاكستان غربى (پاكستان فعلى) مسافرت كرد. در جنگ ١٣٤٤/ ١٩٦٥ ميان پاكستان و هند، ايران از پاكستان و در بحران پاكستان شرقى و غربى از پاكستان غربى حمايت كرد و تا زمانى كه موضع پاكستان در قبال بنگلادش روشن نشد، بنگلادش را به رسميت نشناخت.
ضياء الحق در ٢١ بهمن ١٣٥٧ نظام سياسى جديد ايران را به رسميت شناخت، امّا روابط آشكار پاكستان با برخى از دشمنان ايران مانند آمريكا، روابط دو كشور را به سردى كشانيد. بعد از آن هم روابط دو كشور داراى چالش‌هاى فراوانى بود، امّا روابط ايران و پاكستان، اغلب، خوب و رو به رشد بوده است. اوج اين روابط، به سفر رؤساى جمهور ايران در ١٣٦٧ و ١٣٧١ به پاكستان و سفر رؤساى جمهور پاكستان در ١٣٧٠ و ١٣٧٣