از آن پس، كمونيست‌ها اداره آن را در دست گرفتند، تا اين كه پارلمان آذربايجان در ١٣٦٨/ ١٩٨٩ حاكميت انحصارى دولت بر سرزمين، آب و منابع طبيعى خود را اعلام كرد. يك سال بعد، جنبش استقلال‌طلب آذرى‌ها توسط ارتش سرخ شوروى سركوب شد، امّا آذرى‌ها در جدا شدن از شوروى مصمم ماندند و در سال ١٣٧٠/ ١٩٩١ اولين رئيس حكومت خود (اياز مطلب‌اف) و در سال بعد، اولين رئيس جمهور خود يعنى ابوالفضل ايلچى بيگ يا على‌اف را برگزيدند و بدين وسيله، استقلال خود را به دست آوردند.
مجلس يا شوراى عالى، بالاترين ارگان اقتدار حكومت و عالى‌ترين ارگان تصميم گيرنده اين كشور است. با رأى اعتماد مجلس، نخست وزير و شوراى وزيران معرفى شده از سوى رئيس جمهور آغاز به كار مى‌كنند، و نيز مجلس، وظايفى چون عزل و نصب رياست قوه قضائيه، تأييد انتخابات رياست جمهورى و عزل رئيس جمهور را بر عهده دارد. نمايندگان مجلس از طريق انتخابات مستقيم و براى مدت پنج سال برگزيده مى‌شوند. «روزنامه آذربايجان» ارگان رسمى مجلس و پرتيراژترين روزنامه كشور است. مجلس ديگرى در جمهورى خودمختار نخجوان وجود دارد كه به جز امور مربوط به سياست خارجى، دفاع و ديگر مسائل عمده دولتى، براى ساير امور جمهورى خودمختار نخجوان قانون‌گذارى مى‌كند.
چند حزب در آذربايجان به فعاليت سياسى مشغولند كه «جبهه خلق آذربايجان» مهم‌ترين آن است. اين جبهه در ١٣٦٨/ ١٩٨٩ تأ مسائل منطقه‌اى ايران ١٥٢ ٣ - ٢ - ٤ - ارمنستان ص : ١٥١ سيس شد و در همان سال اپوزيسيون سازمان يافته‌اى را عليه حزب كمونيستِ حاكم، سامان داد، به گونه‌اى كه تلاش‌هايش به همراه شرايط مساعد ديگر، منجر به سرنگونى كمونيست‌ها گرديد. جبهه خلق معتقد به پان تركيسم، لائيسم، بازار آزاد، مخالفت با اصول گرايى اسلامى، گرايش به غرب و ايجاد آذربايجان واحد است. اين جبهه، نفوذ زيادى در صحنه سياسى آذربايجان دارد و احزابى چون حزب استقلال ملى، سوسيال دمكرات، مساوات، اتحاد توران و گرگ خاكسترى از درون آن منشعب شده‌اند. هم‌چنين، برخى رهبران جمهورى آذربايجان مانند «على‌اف»