مى‌دانست كه جايگاه رهبران دينى و روحانيون در جهان اسلام با منزلتى كه پاپ در مسيحيت براى خود ايجاد كرده است، يكسان نيست، از اين رو، نه تنها درصدد ترويج ايده «اسلام منهاى روحانيت» كه الگوگيرى از جنبش پروتستانتيسم است برنيامد، بلكه پيوسته بر ضرورت حضور و ايفاى نقش مرجعيّت دينى و رهبران مذهبى براى دست يابى به اهداف اصلاح طلبانه تأكيد مى‌كرد.

او در مقام مقايسه جنبش اصلاح دينى در مسيحيت و اسلام چنين مى‌گويد:

«لوتر، رئيس پروتستان كه اين حكم [يعنى گناه بخشى كشيشان و قبولى ايمان به دست آنان [را بر خلاف انجيل مى‌داند، به مسلمانان اقتدا كرده است». (٤)

جايگاه مراجع و عالمان دينى را در نظر او مى‌توان در هر گوشه از آثارش به نيكى يافت:

«علما چون در لسان شريعت وارثان دين هستند، بايد براى احياى رابطه دينى مسلمين بپاخيزند و اين وجوب، گريبان گير آنان است...». (٥)

در جايى ديگر مى‌گويد:

«دين بيانگر و ارشادگر حيات طيبه و زندگى مورد رضايت، مى‌باشد و هرگز اين اثر دين در جان دينداران به استحكام و قرار نمى‌نشيند مگر اين كه رؤساى دين، حافظان و حاملان شريعت به وظيفه خود كه تبيين اوامر و نواهى دينى است، به جدّ به پاخيزند.» (٦)

سيد، رسيدگى به امور مسلمين و رفع مشكلات آنان را در گرو حضور علما و مرجعيت دينى مى‌داند:

«علماى اسلامى راسخ در علم مى‌دانند كه مصيبت‌هاى امروز مسلمين، جزاى كوتاهى‌هاى گذشته آنان است. اميد است با غيرت دينى به رتق وفتق و مداواى

(٤) مجموعه رسائل و مقالات، ص٦١.
(٥) العروة الوثقى، ص ٩٧.
(٦) همان، ص١٢٨؛ نيز ر.ك: نامه سيد به علماى ايران.