فتضايق من ذلك، وخرج إلى كربلاء في رجب سنة ١٢٩١ ه‌، ثم توجه إلى الكاظمية فسامراء، ودخلها في شعبان من تلك السنة، وأقام فيها أياما، ثم عزم على الإقامة فيها، وأرسل على كتبه، وأثاثه، وتبعه أصحابه.

وقيل أنه تضايق من وجود بعض الفرق الجاهلة فيها. ولعله يقصد بعض العشائر النجفية، التي كانت المعارك بينها مستمرة، ونتيجة لذلك يتعرض الكثير من المقيمين، وخاصة أهل العلم الأجانب - لأنهم ضعفاء أمام أهل البلد - إلى الإيذاء والسلب.

وقيل تعود الناس على طلب المال منه، وصاروا يتوقعون منه كل شيء حتى فكاك أولادهم من العسكرية ببذل البدل النقدي عنه، وكان بدل الواحد يومئذ مائة ليرة فضاق به الأمر، وعرف أن لهذه التوقعات محركا من بعض أعيان النجف، وهذا لا علاج له إلا بالفرار.

ويقول البعض: (والذي يغلب على الظن أن السبب الوحيد الباعث له على الهجرة أمر وراء ذلك، هو أدق وأسمى وأبعد غورا مما يظن. وهو إرادة الانفراد، لانحياز سامراء وبعدها عن مجتمع العلماء، ومن يدعي العلم، فيتم له فيها ما لا يتم له في غيرها. والقرب من الخاصة فيه العناء والتعب، وفي البعد عنهم الراحة، واجتماع الأمر، وقد قال أمير المؤمنين عليه السلام في عهده للأشتر: إنه ليس أشد مئونة على الوالي من الخاص».

وبعد أن رفض السيد بحر العلوم تلك الأسباب، استنتج أن «مقصده من هجرته وحدة المسلمين، وبث روح التآلف بين السنة والشيعة، وإماتة العصبيات والنعرات الطائفية والتي كانت مشتعلة - حينها - في العراق بسبب الحكم العثماني والذي كان يترنح هنا وهناك بسبب غزو الإنكليز على المنطقة، ومحاولة إخراج النفوذ العثماني المنهار منها. وحيث أن غالبية سكان مدينة سامراء من عشائر السنة،