مؤسّسۀ امام هادی (ع) با تحقیق گسترده، الهدایة را با ویژگیهای زیر به چاپ رسانده است:
١. شرح حال نویسنده در آغاز کتاب (حدود ٢٠٠ صفحه).
٢. مقابلۀ با چهار نسخۀ خطی جهت تصحیح و در صورت لزوم، مراجعه به نسخه‌های دیگر.
٣. یادآوری اختلاف نسخه‌های در پانوشت.
٤. ذکر مأخذ آیات، روایات و اقوال.
٥. شماره گذاری بابها که به ١٧٩ باب رسیده است.
٦. توضیح احکام مبهم با استفاده از عبارات مصنّف و علمای بزرگ دیگر.
٧. شرح الفاظ دشوار.
٨. شرح حال اشخاص و توضیح اماکنی که در متن آمده است.
٩. اشاره به موارد اختلاف میان آرای نویسنده در این کتاب با آثار دیگر او.
١٠. مشخص کرده آرای مخالف با مشهور.
١١. یادآوری مواردی که نویسنده از آیات، اقتباس کرده است.
١٢. مشخّص ساختن عباراتهایی که در ظاهر از نویسنده است، امّا در واقع از روایات گرفته شده است.
١٣. تنظیم فهرستهای زیر در پایان کتاب:
آیات، اسامی معصومان:، اعلام، کنیه‌ها و القاب، حیوانات، امّتها و طایفه‌ها، اماکن و بقاع، ایام و وقایع، لباس و زینت، اطعمه و اشربه، موضوعات و مصادر کتاب.