كانت هذه الأسباب والنواقص هي وراء تأسيس مؤسسة بقية اللّه‌ للبحث والتعليم في سنة ١٤١٨هـ . ق تحت إشراف سماحة آية اللّه‌ السيد طاهري خرّم آبادي من أجل تفادي الإشكاليات المشار إليها وإعداد الفضلاء والمجتهدين والكادر التدريسي والبحثي في الحوزة .

أنشطة المؤسسة التعليمية

تستفيد المؤسسة على الصعيد التعليمي من الأساتذة المشرفين والموجِّهين الذين تتحدد مسؤوليتهم بالإشراف والتوجيه والتحكيم بين البحوث والطلاّب ، فهم لا يزاولون التدريس في المؤسسة وإن كانوا أهلاً لتدريس البحث الخارج .

تتشكّل كل حلقة من خمسة أو ستة طلاّب ليشرف الاُستاذ على طريقة بحثهم والحكمية بينهم .

وعلى الطلاّب قبل الحضور في هذه الحلقات أن يحضروا درساً تمهيدياً مع الاُستاذ المشرف لبحث ودراسة ما سوف يدرسونه في درسهم الخارج ـ الذي يختارونه بحريّة شريطة أن يكونوا مجتمعين في حضور هذا الدرس ـ فيهيئون المادة الدراسية قبل حضورهم في درس الخارج وذلك بحضور الاُستاذ المشرف من خلال مراجعة المصادر الأصلية للبحث ، فمثلاً يراجعون قبل حضورهم في الاُصول كتاب ( الكفاية ) مع ( نهاية الدراية ) للمحقق الإصفهاني و ( بحوث السيد الشهيد الصدر ) وأحد كتب السيد الإمام قدّست أسرارهم . وبهذ يتهيأ الطالب جيداً لحضور البحث الخارج .

كما يُلزم الطالب بكتابة تقريرات درسه الخارج ـ ومناقشة أفكارها إن أمكن وتقديمها إلى المؤسسة لمراجعتها من قبل الاُستاذ المشرف .