الهدف من وراء تأسيس مؤسسة بقيّة اللّه‌ للبحث والتعليم يكمن في رفع ومعالجة الإشكاليات الموجودة في النظام التعليمي في الحوزة سيما في البحوث والدراسات العليا «الخارج» . فثمّة إشكاليات عديدة يعاني منها طالب البحث الخارج ، نذكر منها :

١ ـ عدم إمكانية الارتباط المباشر بين الطالب والاُستاذ في هذه الدروس بسبب العدد الهائل الذي قد يصل أحياناً إلى عدّة آلاف وحينئذٍ تبقى الكثير من النقاط العالقة والغامضة في ذهن الطالب بسبب الحضور الكثير وقلّة وقت الاُستاذ وشيخوخته وكثرة اشتغالاته كالتصدّي للمرجعية وغيرها ، ولا شكّ فإنّ لتكرّر مثل هذه الحالة الأثر في دبّ روح اليأس بشكل طبيعي في نفس الطالب والحيلولة دون اندفاعه بجديّة نحو البحث والتحقيق العلمي ، الأمر الذي يهبط بالحوافز والدوافع إلى درجات متدنية لدى الطالب فينعكس ذلك على المستوى العلمي لديه .

٢ ـ منطقة الفراغ الواقعة بين ما يدرسه الطالب في المرحلة المتوسطة «السطح» وبين مرحلة الدراسات العليا «الخارج» ، فالكتب المقررة في المرحلة المتوسطة كالكفاية أو الرسائل هي في غاية الاتقان والأهميّة ، إلاّ أنّ علم