شيخ طوسى نيز پس از استادان خود، با همين انگيزه به تأليف درفقه تطبيقى اقدام كرد و اثر اصلى وى دراين مورد، كتاب الخلاف است؛ اگر چه درديگر آثار فقهى خود ـ به خصوص كتاب مبسوط ـ نيز به بيان ديدگاه هاى عامّه و مقايسه آن با فقه اماميه پرداخته است.

امّا در شيوه اعمال اين روش و برخورد بامخالفان و عرضه فقه الخلاف، ميان او و استادانش تفاوت هاى ظريفى وجود دارد، كه درزير به آنها اشاره مى‌كنيم.

اوّل اين كه شيخ نيازى نمى ديد مانند شيخ مفيد و سيّد مرتضى، در ظاهر عبارات خود و درهريك از فروع، مرتّبا و به طور متناوب، به اين نكته تصريح كند كه اين حكم اختصاص به شيعه دارد و سپس با لحنى توأم با جدل، از آن دفاع نمايد. اين بدان معنا نيست كه او، لحن تند و دفاع گونه استادان خود را نمى پسنديد، بلكه دليل اين نوع موضع گيرى آن است كه وى ديگر نيازى به اين تعابير تند نمى ديد و اقدامات استادان خود را در به ثمر رسيدن بخشى از اهدافشان كافى مى‌ديد و اكنون لازم مى‌دانست با اين شبهات و اشكالات، به صورت عادى تر برخورد كرده و بهاى چندانى به آنها ندهدو درعوض، براى فقه شيعه، درميان ديگر مذاهب فقه اسلامى ـ به خصوص در روش علم الخلاف ـ جاى تازه اى بازنمايد و اين امر مى‌بايست با سبك و لحن عادى‌و متداول آن روش فقهى انجام مى‌پذيرفت، كه شيخ سعى داشت آن را رعايت كند.

بنابراين، روش فقه تطبيقى شيخ درهدف، مطابق باكارهاى استادانش و متأثّر از آنهاست؛ چنان كه درسبك استدلال نيز از ايشان الگو گرفته است؛ امّا دركلّيّت كار و پردازش عبارات و مناقشات، به روش اصلى و متداول علم الخلاف و آنچه درآن زمان مرسوم بوده، پاى بند شده است و چه بسا همين امر موجب شده كتاب خلاف او نسبت به آثار مفيد و مرتضى درفقه تطبيقى، از شهرت بيشترى برخوردار باشد و اغلب، او را بانى اين روش فقهى بدانند.