گلپايگانى و سه نفر از جامعه مدرّسين، مجموعاً نه نفر از فضلا و اساتيد بزرگ حوزه، اين مسئوليّت را پذيرفتند و مدّتى به سامان بخشيدن به اوضاع پرداختند و بحمداللّه موفقيّت‌هايى كسب كردند، برنامه آنها كه پايان گرفت برادران جامعه مدرّسين، از جمله به من پيشنهاد كردند كه اين مسئوليّت را قبول كنم. من به دلايلى كه از سخنان قبلى‌ام معلوم شد (يعنى واقعاً مايل بودم تحوّلى در حوزه به وجود آيد و آرزوى ديرينه من بود و به علاوه ديدم جمعى از دوستان، موافقتشان را با قبول اين برنامه منوط به قبول و موافقت من كردند) اين مطلب را پذيرفتم، در موقعى كه در شكّ و ترديد بودم كه آيا قبول اين مسئوليّت با كارهاى سنگين فعلى سازگار است يا نه؟ در حرم مقدّس حضرت رضا عليه السلام- كه جزء خادم‌هاى افتخارى ايشان طبق مقرّراتى كه هست محسوب مى‌شوم- استخاره‌اى با قرآن كردم، اين آيه آمد: «فَلَمَّا جَاوَزَا قَالَ لِفَتَاهُ آتِنَا غَدَآئَنَا لَقَدْ لَقِينَا مِن سَفَرِنَا هذَا نَصَباً» «١»
فهميدم كار مشكلى است ولى درونش آب حيات است به تناسب محتواى آيه شريفه. به هر حال اين را پذيرفتم و در دوره دوّم و سوّم، من سرپرستى شوراى مديريّت را بر عهده گرفتم و بحمداللّه كارهاى زيادى انجام شد ...».
استاد در ادامه، فهرست مفصّلى از اقدامات به عمل آمده را بر مى‌شمرد (كه شرح مفصّل‌تر آن را مى‌شود در مجلّه پيام حوزه جويا شد) و در پايان چنين مى‌فرمايد:
«از جمله كارهاى مهمّى كه انجام شد، مسأله تنظيم اساسنامه شوراى عالى حوزه علميّه بود كه به نظر مبارك آيةاللّه العظمى گلپايگانى و آيةاللّه العظمى اراكى رسيد و امضا كردند و مقام معظّم رهبرى نيز بر آن صحّه گذاردند و بنا شد ساير بزرگان كه در قم هستند آنها هم صحّه بر آن بگذارند و به ثبت داده شود كه از نظر حقوقى و قانونى