او در رسائل و ديگر كتابهاى خود شيوه نوينى در بحثهاى اجتهادى , به كارگرفته است كه پيش از او سابقه نداشت . وى در اين كتاب برخلاف شيوه علماى پيشين خود , كه بعد از مطرح كردن مسأله بلافاصله دلائل نظريه خود را در آن زمينه بيان مى كردند و نظريه طرف مقابل را رد مى نمودند , او مسائل را با اسلوب و ويژگيهاى خاصى مطرح مى كرد . بجاست به عنوان نمونه برخى از آنها را در اينجا يادآور شويم :

١ ـ نقل آرا و اقوال و دلايل عالمان و دانشيان پيشين در ارتباط با مسأله , اعم از موافق و مخالف به منظور توسعه اذهان طلاب و دانش پژوهان در مبانى اقوال .

٢ ـ بررسى و نقد همه زواياى اقوال و آرا و مبانى آنها با دقت و تعمق بر اساس واقع و بدور از تعصب و جمود .

٣ ـ ارائه نظرى مستقل در حكم مسأله , بدين گونه كه ابتدا بر اثبات يك نظريه استدلال مى كند و محقق و پژوهشگر مى پندارد كه او آن نظر را برگزيده و خلاف آن را باطل دانسته است ولى بعد همان دلائل را مورد اشكال قرار داده , سپس با استدلال قوى نظريه ديگرى را در همان مسأله ارائه مى دهد , بگونه اى كه پژوهشگر معتقد مى شود كه نظريه دوم را برگزيده و نظريه اول را باطل دانسته است . آنگاه نظريه دوم را نيز با دليل مورد نقد و اشكال قرار مى دهد و سپس نظريه سومى را در حكم مسأله بيان مى كند و با استدلالى عميق آن را برمى گزيند و محقق و پژوهشگر با توجه به دلايل قوى و دقيق او قانع مى شود و آن را قبول مى كند .

اين اسلوب و روش استدلال در ابحاث اجتهادى پيش از شيخ اعظم وجود نداشت و توسط او در كتابهاى اصولى و فقهيى پديد آمده است و فائده آن اين است كه محقق هيچگاه در هنگام نقد و تحليل ابعاد مسأله , گرفتار نقص و اشكال نمى شود .

اين شيوه ابتكارى شيخ در مسائل اجتهادى باعث شگفتى معاصرين وى شد و از آن پس تاكنون بسيارى از عالمان و محققان از اين شيوه و اسلوب پيروى نموده اند .

در هر حال كتاب رسائل , به سبب دارابودن اسلوب و روش نوينى در نقل اقوال و بيان آرا و مبانى و بررسى آنها , از زمان تأليف تاكنون مورد توجه مجتهدان اصولى قرار گرفته و برآن تعليقه ها و حاشيه ها و شرحهاى بسيارى نوشته اند كه اكنون نيازى به بيان آنها نيست .