او به روش اخباريان تمايل پيدا كرد , و كمر به مخالفت با اهل اجتهاد و اصوليان بست و دهان به ناسزا و تهمت عليه مجتهدان گشود . چيزى نگذشت كه مورد نفرت مجتهدان و بزرگان اصولى قرار گرفت , در نجف شيخ جعفر كبير كاشف الغطاء او را طرد نمود و در كربلا مطرود سيد على ( صاحب رياض ) واقع گرديد , به ناچار , رو به كاظمين آورد و در آنجا نيز مورد طرد سيد محسن اعرجى قرار گرفت , و در نهايت به ايران مسافرت كرد .

چون او در علوم غريبه و تسخير جن وارد بود , مقرب دربار فتحعلى شاه شد و با اتكا به قدرت شاه , به ترويج مسلك اخباريگرى پرداخت , در اندك زمان گروهى از مردم تهران , اصفهان , يزد و برخى از شهرهاى ديگر را جذب نمود , و اين سبب شد كه علما و بزرگان شيعه احساس خطر كنند و كسانى چون شيخ جعفر كاشف الغطاء در رد عقايد اخباريان كتابى به نام (( كشف الغطاء )) نوشت ( و اين غير از كتاب كشف الغطاء است كه او در فقه نوشته است . (

مطابق نقل علامه صاحب روضات الجنات , شيخ جعفر كاشف الغطاء در كتاب ياد شده , ميرزاى محمد اخبارى را مخاطب قرار داده و به او گفته است : (( به پنج خصلت شهرت يافته اى كه پست ترين صفات آدمى است : كم عقلى , سستى در دين , بى وفايى , بى حيايى , حسد بيحد و مرز . و هر يك از اين خصلتها در وجود تو مظاهرى دارد كه بر هيچ فردى پوشيده نيست و (( . . .

ولى بايد اعتراف كرد كه اين كتاب و امثال آن در ميرزا محمد تأثيرى بجا نگذاشت .

ميرزا محمد اخبارى , كتابى پيرامون اخبار و اصول به نام قسبة العجول تأليف كرد . مرحوم ميرزاى قمى در رد كتاب او (( عين العين )) را نوشت و دوباره ميرزا محمد اخبارى كتاب انسان العين را در رد ميرزاى قمى به تحرير در آورد .

محمد اخبارى در علم رجال كتابى دارد كه استاد كل وحيد بهبهانى آن را شرح كرده است . البته فضل و علم و نبوغ فوق العاده ميرزا محمد اخبارى بر كسى پوشيده نبوده است . ولى بر اثر سوء تصرفات و سخنان ناشايست در مورد بزرگان دين و مجتهدان , مطرود مجامع علمى و دينى واقع گرديد و با وضع فجيعى دنيا را وداع كرد . و حاصل يك عمر زحمت خويش را بر باد داد . ( اللهم اجعل عواقب امرنا خيرا )