فقه تفريعى ازديگر روش هاى فقهى شيخ است كه به دليل مبدع بودن وى درآن، بيش از ساير مناهج فقهى وى مورد توجّه فقه پژوهان واقع شده است و براساس همين روش، شيخ فروع بسيارى از اهل سنّت را وارد فقه اماميّه كرد و اين فروع تا مدّت مديدى درمتون فقهى شيعه باقى ماند.

درواقع ميان فقه تفريعى و فقه تطبيقى شيخ ارتباط زيادى وجود دارد؛ بدين صورت كه يكى درخدمت ديگرى است و از آن بهره بردارى مى‌كند. آنچه شيخ به عنوان مسائل و فروع در ذيل يك فصل ذكر مى‌كند، بيش از هرچيز ناظر به اقوال و آراى ديگر اصحاب اماميه و درغالب موارد عامّه است و اين خود نوعى فقه تطبيقى و علم الخلاف است كه هدف اصلى و جنبه آشكارتر آن ارائه اقوال مختلف درمسأله نيست؛بلكه منظور آن است كه اقوال و فروع مختلف درهرمسأله بيان شود و به واسطه آن، ديدگاه اماميّه درمورد صحّت و سقم و دليل اقوال عامّه و نيز مناقشه با آن ذكر شود و بالاخره به فروعى كه شايد براساس مبانى اماميّه جايى براى ذكر آنها نيست، نيز به طور مستدل پرداخته شود.

شيخ دراين روش ابتدا حكم اصلى و كلّى مسأله را مطرح و سپس شقوق و محورهاى مختلف آن را بيان مى‌كند. تسلّط و جامع نگرى وى درفقه تفريعى به حدّى است كه هرنوع احتمالى را در مورد صورت هاى مختلف مسأله، حتى اگر براساس قول اماميّه صحيح نبوده و با حكم اصلى باب منافات داشته باشد، ذكر مى‌كند.

جهت آشنايى بهتر با روش شيخ در فقه تفريعى، نمونه اى از كتاب مبسوط را از نظر مى‌گذرانيم:

فصل في دية الجنين:

إذا ضرب بطن امرأة فألقت جنينا كاملا و هو الحرّ المسلم فديته عندنا مائة دينار و عندهم فيه غرّة عبد أو أمة بقيمة نصف عشرالدية. و الغرّة من كلّ شيء خياره....