و أما نتاجه الفكري و عطاؤه العلمي فيعد من النفائس، فله مؤلفات عديدة أصبحت معتمدا في الحوزات العلميّة و المحافل و الثقافية حتى ان بعض كتبه تعد الآن من الضروريات لطالب العلم، إذ لا يمكن الاستغناء عن دراستها لمتابعة مسيرته العلميّة في الحوزة، ككتابي المنطق و أصول الفقه.

و بالرغم من أن حياة شيخنا المظفر كانت قصيرة، قضاها عملا و جهادا في سبيل إعلاء كلمة المذهب الحق، و المصلحة العامّة، فإنه قد أغنى المكتبة الإسلامية بمؤلفاته القيّمة في ميادين شتى و علوم مختلفة، و هي:

١- كتاب في المنطق يقع في ثلاثة أجزاء، و هو مطبوع، و يعد الآن من كتب المقدمات التي تدرس في الحوزات العمليّة في حاضرات البلدان الإسلامية و العواصم الشيعيّة كالنجف الأشرف و قم المشرفة و خراسان و في بلاد الشام لا سيما جبل عامل.

٢- كتاب في أصول الفقه، و هو عبارة عن محاضرات ألقى جملة منها في كلية الفقه، و هو متداول الآن في الحوزات يقع في أربعة أجزاء، و يعد هذا الكتاب بمثابة الحلقة المفقودة في علم الأصول بين كتابي المعالم و كفاية الأصول، و قد أكسب هذا الكتاب مؤلفه شهرة عظيمة لما ناله من إعجاب و إقبال منقطع النظير في الأوساط العلمية الدينيّة، فهو يجمع بين سلاسة العبارة و دقة البحث و عمق الفكرة، مع انتقاء الآراء الحديثة التي وصل إليها هذا الفن بعد عرض توضيحي لآراء الأصوليين المتقدّمين.

٣- كتاب السقيفة: و هو سفر قيّم مطبوع، تعرّض فيه لجذور الخلاف في مسألة الخلافة الإسلامية.

٤- على هامش السقيفة: و هو كراس يتضمن أجوبة مسائل و إشكالات أثارها البحاثة الأستاذ عبد اللّٰه الملاح حول موضوع السقيفة، و قد طبع في سنة‌