وى را مجبور به كناره‌گيرى از زندگى سياسى نمود، امّا در ١٣١٣ وزير حكمران آذربايجان (وليعهد) گرديد و پيشرفت ساكنان اين ايالت، كه به يمن آن اكنون آنها به عنوان روشنفكرترين و جامعه‌گراترين افراد ايران شهرت دارند، عمدتا مديون نفوذ خيرخواهانه وى بود. در ١٣١٤ (١٨٩٦) وى توسط مظفر الدين شاه، كه به تازگى به تخت سلطنت جلوس كرده بود، به تهران احضار شد و در سال بعد نخست‌وزير گرديد و خاصه مسئوليت ارتقاء آموزش عمومى، براساس طرحى كه وى در زمان سلطنت ناصر الدين شاه ريخته بود، بر عهده وى گذاشته شد. در اين‌زمان بود كه انجمن معارف، يا آكادمى، تأسيس گرديد و نيز كالج رشديه كه وى شخصا ١٢ هزار تومان از جيب خود به هزينه‌هاى آن كمك مى‌كرد. وى همچنين به مطبوعات آزادى بيشترى اعطاء نمود و- بدبختانه- سازمان‌دهندگان بلژيكى را به اداره گمركات وارد ساخت. همچنين به كمك ناصر الملك تصميم به اصلاح در زمينه سوءاستفاده‌هاى گوناگون مالى گرفت. مع‌هذا، اين اصلاحات درباريان را، كه منافع خود را در خطر مى‌ديدند، هشيار ساخت و به رهبرى ميرزا محسن خان مشير الدوله موفق شدند كه سوءظن شاه را برانگيزند و خاصه از پيشنهاد امين الدوله جهت ثابت نمودن حقوق و مستمرى شاه و سازش وى با تركيه، از طريق به رسميت شناختن سلطان تركيه به عنوان خليفه و امير مؤمنين، در جهت اين هدف خود استفاده كردند. در نتيجه امين الدوله بركنار و در مكانى به نام «لشت‌نشاء» واقع در ١٥ مايلى رشت، اقامت گزيد و در آنجا به كار كشت و زرع و تصنيف چندين رساله سياسى مشغول شد تا آنكه در ١٣٢٢ (١٩٠٤) وفات يافت. وى يك پسر، امين الدوله فعلى، و دو دختر از خود به جاى گذاشت. دو هدف عمده وى عبارت بودند از تنظيم امور مالى كشور و برقرارى يك بودجه منظم؛ و پايان دادن به رشوه‌خوارى، فساد، و اختلاس در اموال دولت.

تاريخ سلطنت مظفر الدين شاه عمدتا تاريخ مبارزه بين وى و امين السلطان و طرفداران آنها بود.

يادداشت شماره ١١ (در مورد قوام الدوله)

ميرزا محمد حدس مرا، در سطر ١٨، تأئيد مى‌كند:

وى مى‌نويسد: «بله، آن قوام السلطنه بود. هنگامى كه وى را دستگير كردند، من شخصا در آن موقع در شميران بودم و آنها را ديدم كه وى را در زنجير در حاليكه سوار بر يك قاطر بود بسوى تهران مى‌بردند، كه در اين شهر، قبل از آنكه وى را به زندان بيندازند، گردانده شد. پس از مدتى آزاد