جديد به توصيه وزيرش، محمد رفيق خان، مهياى دستگيرى و حبس سه برادر خود- محمد اعظم، محمد اسلم و محمد امين- شد. اين برادران گريخته هريك به ايالت مقر حكومت خود رفتند. در پى اين رخداد، جنگ داخلى آغاز گرديد و در نهايت محمد اعظم خان و برادرزاده‌اش عبد الرحمان- امير اسبق- پايتخت را اشغال و محمد افضل، پدر عبد الرحمان، از زندان غزنه رهانيده و او را به امارت برداشتند. مع‌هذا، محمد افضل يكسال بعد درگذشت و محمد اعظم جانشين وى گرديده سيد جمال را به نخست‌وزيرى(Prime Minister) خود برگزيد. تحت رهبرى سياست‌هاى مدبرانه سيد، وى مى‌توانست تمامى كشور را به انقياد خود درآورد، امّا حسادت به خويشان و عدم علاقه‌اش به استفاده از آنان در حكومت، به استثناى جوانترين و بى‌تجربه‌ترين فرزندانش، او را از اين مهم بازداشت.

در اين بين امير شير على، رقيب وى، به اشغال قندهار ادامه داد كه در آنجا مورد حمله يكى از برادرزادگانش، از پسران محمد اعظم، قرار گرفت. اين پسر بر آن بود كه با اقدامى دليرانه لطف خاص پدر را به خود معطوف دارد. امّا، در عوض، بى‌احتياطى كرده به همراه دويست از همراهانش از ساير سپاهيان به دور افتاد و توسط يعقوب خان، يكى از سران سپاه شير على، اسير گرديد. اين امر شير على را تشجيع كرد كه جنگ را به‌شدت از سر گرفته و تحت حمايت انگليس، كه آزادانه وى را به لحاظ مالى تأمين مى‌نمود، سرانجام بر برادرش محمد اعظم و برادرزاده‌اش عبد الرحمان فائق آمد.

محمد اعظم به نيشابور، در ايران، گريخت و چند ماه بعد در آن سامان درگذشت. عبد الرحمان نيز به بخارا رفت.

به هرروى، سيد جمال الدين در كابل باقى ماند و به يمن سيادت و نفوذ شخصى بين مردم، از انتقام شير على در امان بود. امّا، پس از چندى صلاح در ترك آنديار ديده به قصد سفر مجدد به مكه تقاضاى رخصت نمود. شير على اين رخصت را به شرط تخدير وى در گذر از ايران اعطاء كرد. چراكه از آن بيم داشت كه سيد به مولاى سابقش، محمد اعظم، بپيوندد. بدين قرار، وى در ١٢٨٥ ه.- ١٨٦٩ م.

- از طريق هند عازم مكه گرديد و در آنجا مورد استقبال حكومت هند قرار گرفت. ولى، از ملاقات وى با رهبران مسلمانان، جز تحت نظارت حكومت، ممانعت كرده و يك ماه بعد او را با يك كشتى به سوئز فرستادند. سيد از آنجا براى نخستين‌بار به قاهره رفته چهار روز در آن شهر رحل اقامت افكند و در اين مدت به كرات به جامع بزرگ الازهر رفته با بسيارى از اساتيد و طلاب گفتگو كرده و براى معدودى از آنان در اتاق استيجارى خود به ايراد خطابه پرداخت.

سيد به عوض مكه عزم سفر قسطنطنيه كرده و با استقبال على پاشا، وزير اعظم، و ساير افراد برجسته‌