ميرزا محمد مى‌نويسد: براساس بيانات شمارى از افراد قابل‌اعتماد، كه هنگام اعدام شيخ فضل اللّه حضور داشتند، داستان بوسيدن طناب دار دروغ است. وى فقط گفت، «در روز قيامت اين افراد- يعنى قضات و اعدام‌كنندگان من- به خاطر اين كار به من جواب خواهند داد. نه من يك «مرتجع» بودم و نه سيد عبد اللّه [بهبهانى‌] و سيد محمد [طباطبائى‌] «مشروطه‌خواه»: مسئله صرفا اين بود كه آنها مى‌خواستند بر من تفوق جويند و من مى‌خواستم بر آنها برترى يابم و هيچ مسئله اصول «ارتجاعى» يا «مشروطه» در ميان نبود. گفته مى‌شود كه در آخرين لحظه وى اين شعر را خوانده است:

«اگر بار گران بوديم رفتيم‌		اگر نامهربان بوديم رفتيم»

سپس بدون آنكه هيچگونه احساس يا ترسى نشان دهد به اعدام‌كنندگان خود، كه منتظر انجام وظيفه خويش بودند، گفت: «كارتان را انجام دهيد!» وى با عبا و عمامه‌اش اعدام شد. امّا فقط ده دقيقه حلق‌آويز باقى ماند و سپس جسدش از دار پائين آورده شده و به بستگانش تحويل گرديد. پسر بزرگ وى، ميرزا مهدى- كه خيرخواهانه‌ترين توصيف در مورد رفتار وى آنست كه گفته شود وى ديوانه بود- در پاى چوبه دار ايستاده و به پدرش ناسزا مى‌گفت و به مجاهدين اصرار مى‌كرد كه اين كار غم‌انگيز را هرچه سريعتر پايان دهند.

«من شخصا دو سال با شيخ فضل اللّه درس خواندم و مدت چهار سال به دو فرزندش ضياء الدين و حاجى ميرزا هادى زبان عربى درس مى‌دادم من تمامى آنها را به خوبى مى‌شناسم: آنها آقايانى خوب و رقيق‌القلب بودند و من فقط مى‌توانم پايان غم‌انگيز شيخ فضل اللّه را به شانس بد و سرنوشت شوم نسبت دهم.

اعضاى «محكمه قضاوت على» كه شيخ فضل اللّه را محاكمه و محكوم ساختند، عبارت بودند از:

١. شيخ ابراهيم زنجانى، نماينده زنجان.

٢. ميرزا محمد، سردبير روزنامه نجات.

٣. جعفر قلى خان بختيارى.

٤. سيد محمد ملقب به «امام‌زاده»، امام‌جمعه فعلى، فرزند امام‌جمعه فقيد.