در ١٨٩٢ سيد مجددا به قسطنطنيه رفت و پنج سال از عمر بازمانده خويش را در آن سامان سپرى نمود. سلطان عبد الحميد، كه سيد تا يكسال پيش از مرگش نظرى بسيار مساعد به وى داشت، از او خواست كه حملاتش عليه شاه ايران را متوقف سازد. سلطان اظهار داشت كه سفير ايران سه‌بار در اين باب با وى مذاكره كرده و گرچه او در دوبار نخستين خود را از دخالت در اين امر معذور داشته است، امّا سرانجام قول داده از نفوذ خود در اين مورد استفاده كند. سيد اين اظهارات را چنين پاسخ گفت: «در اطاعت فرمان خليفه زمان، من شاه ايران را مى‌بخشم، شاه ايران را مى‌بخشم.» سپس سلطان افزود: «به راستى شاه ايران از تو سخت بيمناك است.» همان‌سان كه رخدادهاى بعدى نشان دادند، اين بيم چندان هم بى‌اساس نبود.

پس از ترور ناصر الدين شاه توسط ميرزا محمد رضا كرمانى، در اوّل مه ١٨٩٦، نخست- به ناحق- ميرزا رضا به بابيگرى و چند صباحى بعد به وابستگى به سيد جمال الدين و ساير مريدانش ميرزا آقا خان، شيخ احمد كرمانى و حاجى ميرزا حسن خان خبير الملك متهم گرديد و دولت ايران از حكومت ترك تقاضاى استرداد اين چهار تن را نمود. جز سيد جمال الدين، آن سه تن ديگر سرانجام به مقامات ايران تحويل و، چنانكه در فصل آتى به تفصيل در باب ترور ناصر الدين شاه خواهد آمد، مخفيانه در تبريز به قتل رسيدند. امّا سلطان عبد الحميد از تسليم سيد سر باز زد. اين‌زمان مسئله مليت وى مطرح گرديد. چراكه در صورت افغان بودن مى‌توانست خواستار حمايت، يا لااقل محاكمه‌اى منصفانه، از سوى سفارت انگليس گردد. زيرا افغانستان هيچ نماينده‌اى در خارج نداشته و انگلستان حافظ منافع اتباع آن كشور در ممالك بيگانه بود. با اين‌وجود، چنان مى‌نمايد كه سيد، خواه به سبب عدم صحت افغانيت خود، يا از آن‌روى كه نمى‌خواست در حفظ امنيت خود مديون قدرتى باشد كه همواره نسبت به آن ابراز تنفر كرده بود، خود را كاملا در اختيار سلطان عبد الحميد قرار داد و، چنانكه گذشت، سلطان از تسليم وى امتناع ورزيد.

در اواخر ١٨٩٦ سيد به سرطان فك دچار شد و چند صباحى بعد سرطان به گردن وى سرايت كرده در ٩ مارس ١٨٩٧ او را از پاى درآورد. جسد سيد باشكوه و جلال بسيار در «گورستان شيوخ»(Sheykhler Mezarlighi) در نزديكى «نشان تاش»(Nishan Tash) دفن گرديد. به‌رغم غالب ترك‌ها، اكثر ايرانيان برآنند كه مرگ سيد طبيعى نبوده و توسط يكى از درباريان سلطان به نام «ابو الهدى» ماده‌اى سمى به لب‌هاى وى تزريق گرديد كه وضعيتى «آسيب‌شناختى»(Pathological) شبيه سرطان را به وجود آورد؛ العلم عند اللّه.