مؤسسه مستقل و وابسته به روحانیت است و این نظریه بر اساس نظریه دیگری است که ایشان درباره روحانیت دارند که روحانیت باید مستقل بماند همچنان که در گذشته مستقل بوده است، و نهضتهایی که روحانیت کرده به دلیل مستقل بودنش بوده. این که روحانیت شیعه توفیق پیدا کرده که چندین نهضت و انقلاب را در صد ساله اخیر رهبری کند به دلیل استقلالش از دستگاههای حاکمه وقت بوده. حالا هم که حکومت، حکومت اسلامی میشود، با این که حکومت اسلامی است، ایشان معتقدند که روحانیت باید مستقل و به صورت مردمی مانند همیشه باقی بماند و روحانیت آمیخته با دولت نشود. ایشان با این امر که روحانیت به طور کلی وابسته به دولت شود- آنچنان که روحانیت اهل تسنن هست- به شدت مخالفند ولو در دوره حکومت اسلامی، و نیز با این امر که روحانیین بیایند جزء دولت شوند و پستهای دولتی را رسما اشغال کنند مخالفند. این کارهایی که بالفعل کمیتهها [١] دارند که در رأس کمیتهها غالبا روحانیین قرار گرفتهاند، یک امر اضطراری و اجباری است؛ یعنی در شرایطی که قوای انتظامی از هم پاشیده شد و تنها قوّه و قدرتها در مساجد باقی ماند و افراد مسلمان سلاحها را در دست گرفتند، چون این افراد جز از روحانیین محل از کس دیگر معمولا اطاعت نمیکردند، خود به خود بدون این که طرحی برایش ریخته شده باشد به جای مراکز انتظامی و کلانتریها و ... کمیتهها بهوجود آمد و از اول هم این مطلب عنوان شد و همیشه گفته شده، امروز هم گفته میشود که وجود کمیتهها موقت است و باید هرچه زودتر و هرچه بهتر باز دستگاههای انتظامی دولتی بیایند مشغول کارشان بشوند و کمیتهها پستها را تحویل آنها بدهند.

به هر حال روحانیت نه به طور مجموعه و دستگاه روحانیت باید وابسته به دولت شود و نه افرادی از روحانیین بیایند پستهای دولتی را به جای دیگران اشغال کنند، بلکه روحانیت باید همان پست خودش را که ارشاد و هدایت و نظارت و مبارزه با انحرافات حکومتها و دولتهاست حفظ کند. در آینده هم همین پست را باید حفظ کند. البته این به معنی تحریم نیست، به معنی پیشنهاد است. ممکن است زمانی

[١]. [کمیتههای انقلاب اسلامی که بلافاصله بعد از پیروزی انقلاب اسلامی برای برقراری نظم بابهکارگیری نیروهای مردمی تأسیس شد.]