وقد ترك مؤلفات عديدة، منها: الأنوار القدسية (ط) بالفارسية في التوحيد والكلام، التوحيد الرضوي ويشتمل على البراهين العقلية والنقلية، السيف المسلول على مدعي دين الرسول(ط) بالفارسية (ويسمى تربيع الشيخين) في الردّ على الشيخية والكشفية، رسالة هدية النملة إلى مرجع الملة(ط) في أُصول الدين وبيان التكليف في عصر الغيبة مع الردّ على بعض عقائد الشيخية، عقائد مظفري(خ) في المباحث الكلامية كإثبات وجود اللّه تعالى وبيان صفاته والقضاء والقدر والعدل والنبوة والإمامة، المكواة المكية في الردّ على «هداية المسترشدين» الذي كتبه بعض الشيخية ردّاً على «هدية النملة» لصاحب الترجمة، الإشارات على نهج «فصوص الحكم» لابن عربي، رسالة كشف المحجة في أحوال الحجة(ط)، منظومة سراج الغيب، ونخبة الصوارم في الفقه والأُصول، وغير ذلك.