ثمّ نُفي إلى العراق بسبب معارضته لفتح علي شاه القاجاري، فجاور بالكاظمية، واختص بالميرزا محمد بن عبد النبي النيسابوري الأخباري، ثمّ سكن الحائر على أثر مقتل الأخباري المذكور عام (١٢٣٢هـ) ولازم فيه أحمد بن زين الدين الأحسائي.

وكان المترجم له مولعاً بالفلسفة والعرفان.

درّس وأفتى في كربلاء والنجف وكرمانشاه وقزوين.

ووضع نحو ثلاثين مؤلَّفاً، منها: مشكاة العارفين في معرفة أُصول الدين(خ) في مجلدات الأوّل منها في التوحيد، الاعتقادات، رسالة إشارات الحسنية في معارف اللّه الحقة اليقينية(خ) بالفارسية في العقائد وأُصول الدين ومعرفة المبدأ والمعاد وتعرف بإشارات عبداللّه، منهج السالكين في حياة العارفين(خ) بالفارسية في أُصول الدين الخمسة لعامة الناس[١]، زاد العابدين ليوم الدين، مصباح السالكين ومرقاة المتقين، الصراط المستقيم، لسان العارفين(ط)، غنائم العارفين في تفسير القرآن المبين، مجمع المسائل في شرح «المختصر النافع» في الفقه للمحقّق الحلي، ضوابط الأُصول، ورياض الأحزان في (١٢) مجلداً.

توفّي في شهر ربيع الثاني سنة اثنتين وسبعين ومائتين وألف.

وقد مضت ترجمة أخيه (الأكبر منه) محمد صالح البرغاني (المتوفّى ١٢٧١هـ).[٢]

[١] انظر معجم التراث الكلامي.
[٢] وقيل: (١٢٨٣هـ).