معناي اسلامیسازی علوم در اين مرحله آن است که فرضيات و نظرياتي علمي که بر اصولي (مثل ماترياليسم و اصالت ماده) مبتنی باشد که خلاف واقع است و اسلام هم آن اصول را نفي مي‌‌کند، تغيير يابند و مباني صحيح سنگ‌بناي تحقيقات جديد قرار گيرند. علمي ديني است که دست‌کم در مباني هستي‌شناختي خود با مباني هستي‌شناختي دين تعارض نداشته باشد. اين تحول علاوه بر مقام پژوهش، بايد در مقام آموزش نيز تجلي کند و در کتاب‌هاي درسي و دانشگاهي ظهور داشته باشد. اين به‌هيچ وجه نبايد بدان معنا تفسير شود که مطالب و نظريات غيراسلامي حذف شوند. بحث کردن، خواندن و فهمیدن چنین مباحثی اشکال ندارد، ولي بايد درکنار مباني صحيح و متقن ديني ذکر شود. سبک و سياق کلامي که بيان مي‌شود یا کتابي که نوشته مي‌شود بايد اين باشد که مبناي صحيح با دلايل عقلي و نقلي اثبات شود، و بطلان نظريات ديگر به‌گونه‌اي مستدل و منطقي نشان داده شود. به‌عنوان مثال، وجود موجوداتي غيرمادي، يا روح مستقل از بدن که پس از فناي بدن باقي مي‌ماند با دلايل معتبر اثبات شود، و سپس تذکرداده شود که نظرياتي برخلاف اين هم گفته شده است، و دلايل ضعف و مردود بودن آنها ذکر شود.

علوم انسانی که امروزه Humanities يا Human Sciences ناميده مي‌شوند، رفتارها يا حالات انسان‌ها را بررسی میکنند، و براساس