اين برداشت غلط و انحرافي از يک‌سو موجب وهن دين شده، از سوي ديگر تلاش‌هاي طاقت‌فرساي دانشمندان مسلمان براي يافتن پاسخ‌هاي مطمئن‌ از طريق منابع ديني را نيز زير سؤال مي‌برد، و اين اتفاقاً يکي از آفات طرح علم ديني است. از هنگامي که مسأله اسلامي کردن دانشگاه‌ها و به دنبال آن اسلامي کردن علوم مطرح شد، برداشت‌هاي متناقضي از اين تعبير ارائه مي‌شد. يکي از تلقي‌هاي غلط اين بود که تصور مي‌شد منظور از اسلامي کردن علوم آن است که روش تحقيق در علوم تجربي به روش نقلي تغيير يابد. بر اساس اين برداشت، چنين القا مي‌شد که گويا از اين پس به‌جاي به‌کار گرفتن مشاهده، فرضيه‌پردازي، آزمايش فرضيه،‌ و نظريه‌پردازي، قرار است آزمايشگاه‌ها تعطيل شود و به جاي تحقيق در آزمايشگاه، به خواندن قرآن و حديث بسنده شود. به عبارت ديگر، برخي تصور مي‌کردند اسلامي‌کردن علوم به اين معناست که روش نقلي و فقاهتي جاي روش تجربي و عقلي را در همة علوم بگيرد. روشن است که اين تصور بسيار خامي است، و نقدهايي جدي بر آن وارد است.

ازجمله اين نقدها آن است که خط بطلان کشيدن بر تلاش‌هاي علمي و فکري دانشمندان نه ممکن است و نه عاقلانه و مطلوب؛ ميليون‌ها دانشمندي که با زحمات شبانه‌روزي خود در طول قرن‌هاي متمادي در رشته‌هاي گوناگون علوم عقلي و تجربي، سعي‌کرده‌اند بسياري از مشکلات نظري و عملي بشر را حل، و تمدن‌هايي را پديد آورند. گرچه اين تلاش‌ها همواره با افت و