روش رسيدن به نتيجه با يک‌ديگر اختلاف داشته باشند و به نقد يک‌ديگر بپردازند. حتي در برخي موارد ممکن است مقدمات يا روش‌هاي مزبور با آموزه‌هاي ديني،‌ باورها و ارزش‌هاي طرفين تلاقي يا تعارض هم داشته باشند، ولي نکته مهم آن است که اثبات و نقد اين مسائل صرفاً با تکيه بر منطق و استدلال خواهد بود، و نه با استناد به باورها و ارزش‌هاي ديني و فرهنگي هر يک از طرفين بحث، که اگر چنين باشد، هرگز به نتيجه نخواهد رسيد. اما در مسائلي که بالعرض با ارزش‌ها ارتباط پيدا ‌مي‌کنند ـ مانند اين‌که وجود چاه در منزل علامه حلي مي‌توانست بصورت بالعرض در فهم او از روايات، و فتوایش تأثير بگذاردـ میتوان با تمهيد مقدماتي بر هواي نفس غلبه نموده، از این تأثیر جلوگيري کرد، همانگونه که علامه حلی دستور داد تا چاه را پرکنند تا اجتهاد او تحت تأثير منافع شخصي او واقع نشود. این منظور با تلاشی درخور در میدان تزکیه نفس دست‌یافتنی است.[١]بنابراين، انسان مي‌تواند خود را از ارزش‌هاي شخصي و اجتماعي مورد قبولش تخليه کند و با يک پديده علمي دقیقا در قالب متدلوژي آن علم برخورد کرده، نتيجه بگيرد؛ هر چند ممکن است در مقام صرف‌نظرکردن از ارزشها ـ همانند امور دیگرـ اشتباه کند.

اين مسئله در علوم پايه، طبيعي، و انساني به يک اندازه جاري و صادق است. با توجه به تعریفی از علوم انسانی که شامل علوم

[١] دفتر همکاری حوزه و دانشگاه، پایگاه علمی جامعه‌شناسی، [سلسله جزوات جامعه‌شناسي، ج ٧]، ص٢٨، به نقل از محمدتقي مصباح يزدي، جستارهايي در فلسفة علوم انساني از ديدگاه حضرت علامه آيت‌الله مصباح يزدي، ص ١١٣-١١٤.