شهدت المدرسة الفيضية الكثير من المصاعب والمتاعب في عهدي الأب والابن معاً وقد شاهدت ذلك عن كثب. ففي عهد الأب مارسوا الكثير من الضغط على هذ المدرسة وعلى بقية المدارس والمساجد ضد علماء الدين بما سوّد صفحات التاريخ. كان على طلاب المدرسة الفيضية مغادرة غرفهم قبل شروق الشمس واللجوء إلى بساتين المدينة لأنه لو قبض عليهم في المدرسة لجردوا من لباسهم وسيقوا الى الجندية. وكانوا يعودون إلى المدرسة في آخر الليل. ففي عهد الأب تعرض علماء الإسلام للكثير من الضغط حيث حبس كبار العلماء في خراسان، ونفي علماء آذربايجان، وتحصن علماء اصفهان وغيرها من المدن في مدينة قم، وقد تم الغاء التحصن بالقوة. كانوا يريدون اخلاء مدارسنا من آثار الإسلام.

وفي عهد الابن رأيتم كيف تمت مهاجمة المدرسة الفيضية وحرق الكتب الدينية وحتى السماوية منها وكذلك احراق عمائم رجال العلم، وقذف البعض منهم من فوق السطح. ولكن الحمد لله نراكم الآن علماء كاشان ورفسنجان مجتمعين تناقشون قضاياكم بحرية وكلي أمل بأن يحفظ الله هذه الحرية والاستقلال إلى النهاية.

علماء الدين حفظة كيان الإسلام وحدوده‌

أنتم أيها السادة يجب أن تحافظوا على الإسلام، فوظيفتكم أنتم علماء الدين في مختلف أرجاء البلاد وفي كافة البلدان الاسلامية، أن تذودوا عن حدود الإسلام. فاليوم إذا أصدر أحدنا فتوى منافية للتعاليم والأحكام الإسلامية فإن الضرر سيلحق بالإسلام. فالبلاد اليوم بلاد إسلامية وكل شأن من شؤونها يكون إسلامياً، فالمرحلة التي نمر بها مرحلة حساسة. علماء الدين يمرون بمرحلة حساسة، ويجب أن يكونوا على درجة كبيرة من الحيطة والحذر لئلا تحصل أخطاء باسمهم. كما ينبغي لحرس الثورة أن يكون حذرين في أداء وظيفتهم، والمحاكم الإسلامية يجب أن لاتخرج عن الموازين الإسلامية، فالإسلام اليوم‌