پس از آن،حسين بن روح نيز به زندان افتاد و تا سال ٣١٧ ق(مدت پنج سال)در حبس ماند.وى،پيش از افتادن به زندان،مدتى پنهان مى‌زيست و چون اعتمادى كامل به ابن ابى العزاقر داشت،او را به نيابت خود برگزيد.شلمغانى واسطه بين او و شيعيان شد.توقيعات حضرت مهدى عجّل اللّه تعالى فرجه الشريف،از سوى حسين بن روح به دست شلمغانى صادر مى‌شد و مردم براى رفع حوايج و حل مشكلات،به او رجوع مى‌كردند. [١]

پس از اين زمان،شلمغانى به ادعاهاى باطل پرداخت و از مذهب شيعه اماميه اثنى عشريه انحراف جست.حسين بن روح در زندان،از انحرافش مطلع شد و از همان‌جا در ذى حجه سال ٣١٢ ق توقيعى در لعن ابى العزاقر به شيخ ابو على محمد بن همام اسكافى بغدادى كه از بزرگان شيعه بود،فرستاد و از وى تبرّى جست. [٢]

مردم پس از صدور لعن شلمغانى،نزد حسين بن روح شتافتند و گفتند:«خانه‌هاى ما از آثار شلمغانى انباشته است،چه كنيم؟»فرمود:«نظر من،درباره كتاب‌هاى او همان چيزى است كه امام عسكرى عليه السّلام درباره كتاب‌هاى بنى فضّال فرمود:"...خذوا بما رووا و ذروا ما رأوا؛اعتقادات آنان را كنار گذاريد و آنچه نقل كرده‌اند،بپذيريد". [٣]

به نظر شيخ طوسى علت كشته شدن شلمغانى چنين بود:زمانى كه ابو القاسم حسين بن روح او را آشكارا لعن كرد و همه جا شهرت يافت و مردم از وى دورى جستند.تمام شيعيان از او برحذر بودند؛به طورى كه نتوانست به حيله‌ها و نيرنگ‌هاى خود ادامه دهد.روزى در محفلى كه رؤساى شيعه حاضر بودند و همه لعن شلمغانى و دورى از او را از ابو القاسم حسين بن روح نقل مى‌كردند،شلمغانى به حاضران گفت:من و او (حسين بن روح)را در جايى بخواهيد تا من دست او و او هم دست مرا بگيرد و در حق يكديگر نفرين كنيم.اگر آتش نيامد و او را نسوزاند،هرچه او درباره من گفته،درست است.اين خبر در خانه ابن مقله اتفاق افتاد و از آن‌جا به گوش«الراضى باللّه»خليفه

[١] .شيخ طوسى،كتاب الغيبة،ص ٣٠٣.

[٢] .طبرسى،الاحتجاج،ج ٢،ص ٤٧٤؛و نيز ر.ك:شيخ طوسى،كتاب الغيبة،ص ٣٠٣.

[٣] .شيخ طوسى،كتاب الغيبة،ص ٣٨٧.