برای مقابله‌ی با جنبش «گنوسی» که از آن به نوعی بدعت‌گزاری یاد می‌شود، سنّت به‌معنای «تفسیر سنّتی کتاب مقدّس» یا «ارایه‌ی ایمان مسیحی به شکلی سنّتی» شکل گرفت.

دومین اختلاف مهم و دامنه‌دار، اختلاف دو تن از الهی‌دانان برجسته و اوّلیه‌ی مسیحیّت؛ یعنی، آتاناسیوس(م.٣٧٣) و آریوس(م.٣٣٦) بر سر بشری بودن یا الوهیّت مسیح بود. این مناقشات را یکی از سرنوشت‌ سازترین مناقشات در تاریخ کلیسای مسیحی می‌دانند.

آنان در این مسأله اتفاق‌نظر داشتند که کلمه‌ی خدا جسم شد و در عیسای انسان جای گرفت؛ امّا در طبیعت و ماهیّت کلمه اختلاف‌نظر داشتند. آتاناسیوس می‌گفت: کلمه‌ای که در عیسی تجسم‌ یافت، ازلی، غیرمخلوق و از آغاز خدا بوده است؛ امّا آریوس معتقد بود که کلمه‌ی خدا ازلی نیست؛ بلکه در زمان خلق شده و آن را خدا قبل از پدید آوردن جهان آفریده است.

"آریوس"معتقد بود که عناوین کتاب مقدّس برای مسیح که به وجودی هم‌رتبه با خدا برای او اشاره دارد، عناوینی صرفاً تشریفاتی است. مسیح را باید یک مخلوق، هرچند والاتر از سایر مخلوقات، دانست؛ امّا در مقابل "آتاناسیوس" بر این باور بود که الوهیت مسیح، اهمیّتی اساسی در فهم مسیحی از رستگاری دارد. اختلاف این دو الهی‌دان برجسته سراسر امپراتوری را دچار هرج‌ومرج ساخت. به‌گونه‌ای که قسطنطین (کنستانتین) نخستین امپراتور مسیحی، ناگزیر شد برای حل این اختلافات، تمام اسقف‌ها و متالهان مسیحی را از سراسر جهان را در شهر نیقیه (یا شهر ایزنیک در ترکیه امروزی) را گرد آورد و این نخستین شورای جهانی مسیحیّت است که به شورای نیقیه معروف است. این شورا پس از استماع دیدگاه‌های دو طرف، دیدگاه آتاناسیوس ترجیح داده و در نتیجه‌ی کلیسا به‌طور رسمی، به الوهیّت عیسی مسیح رأی داد و خلاصه‌ی اعتقاد خود را به‌عنوان «قانون ایمان» منتشر ساخت که در آن اعلام شده است که مسیح کلمه خدا، از ذات و طبیعت خدا بوده و مخلوق نیست. پس از این نیز اختلافاتی بر سر تثلیث، آموزه فیض، استفاده از شمایل و تصاویر در کلیسا و... رخ داد که