سیّد مرتضی در تکیه بر نقل‌های تاریخی، به خصوص در بخش ائمه(علیهم‌السلام) اعتنای خاصّی به آرای مورّخ بزرگ، محمّدبن جریر طبری و تفسیر او دارد. از اشکال و جواب‌های «تنزیه الانبیاء» چنین بر می‌آید که ایشان از آرای تفسیری وی بهره برده و آن‌ها را در لابه‌لای شرح و تعلیق خود جای داده است. (المناهج الروائیۀ عند الشریف المرتضی؛ وِسام الخطاوی، ص٢٥٩.)

ج) تنزیه الائمه

در این‌جا ذکر این نکته ضروری است که سیّد مرتضی (رحمه‌الله) در قسمت ائمه، قدری از مبحث تنزیه خارج می‌شود؛ چراکه معمولاً ائمه(علیهم‌السلام) آنچه به‌عنوان سؤال و اشکال مطرح می‌شود، یک گناه نیست؛ بلکه تحلیل یک واقعه تاریخی است و یا فقط یک بحث کلامی است؛ بنابراین، تکیه بر نقل‌های تاریخی، راهی مناسب برای جواب از این شبهات است؛ البته از روایات اهل‌بیت(علیهم‌السلام) بسیار بهره می‌گیرد.

در میان این شبهات، می‌توان به برخی از آن‌ها اشاره کرد:

حضرت امیرالمؤمنین علی‌بن‌ابی‌طالب(علیه‌السلام): بیعت آن حضرت با خلفا، حضور در مجالس ایشان و نماز پشت سرشان، به ازدواج درآوردن دخترشان به عقد یکی از خلفا، حضور در شورای شش نفره و... .

امام حسن مجتبی(علیه‌السلام) : بر کنار کردن خودشان از خلافت و صلح و بیعت با معاویه و... .