١- الانتصار ٢- الذریعة الى اصول الشیعه ٣- شرح مسائل الخلاف فى اصول الفقه ٤- المصباح فى الفقه ٥- المختصر فى الاصول ٦- الناصریات ٧- مسائل اصول الفقه ٨- مسائل الانفرادات فى الفقه ٩- جمل العلم و العمل ١٠- المسائل الرسیة الاولى.

ـ در تفسیر و علوم قرآن

١- كتاب الصرفة (فی اعجاز قرآن)؛ ٢- المحكم و المتشابه؛ ٣- تفسیر سوره حمد و بعضى از سوره بقرة؛ ٤- الموضح عن جهة اعجاز القرآن.

ـ در علم كـلام و اعتقادات

١- الشـافى فى الامامة؛ ٢- تنـزیه الانبیـاء و الائـمة؛ ٣- المقنـع فى الغیبة؛ ٤ـ انقاذ البشر من الجبر و القدر؛ ٥ـ الاصول الاعتقادیة؛ ٦ـ احكام اهل الاخرة؛ ٧ـ المسائل المتباینات.

ـ در ادبیات

١- غرر الفوائد و درر القلائد یا امالى المرتضى؛ ٢- دیوان المرتضى(در بیست هزار بیت)؛ ٣- شرح قصیدة السید الحمیرى؛ ٤-الشهاب فى الشیب و الشباب؛ ٥- طیف الخیال.

قضاوت‌های رجال‌شناسان

مرحوم نجّاشی، که از شاگردان جناب سیّد مرتضی بوده، این‌چنین به توصیف استادش خود می‌پردازد:

علی بن الحسین بن موسى...، أبو القاسم المرتضى حاز من العلوم ما لم‌ یدانه فیه أحد فی ‌زمانه و سمع من الحدیث فأكثر و كان متكلما شاعراً أدیباً عظیم المنزلة فی العلم و الدین و الدنیا، صنف كتبا. (رجال‌النجاشی، ص٢٧٠، رقم ٧٠٨.)