١ـ معمولاً سیّد مرتضی به یک اشکال چند پاسخ داده که پاسخ‌های او همه در یک سطح و قوّت نیستند؛ گاهی هم پاسخ کسانی را نقل کرده که با قول او موافق‌ هستند. (همانند داستان ذبح چهار پرنده به‌دست حضرت ابراهیم که در آیه ٢٦٠ سوره بقره بدان اشاره شده است) (تنزیه الانبیاء، ص٢٩.)

٢ـ ایشان در تأویل آیه‌های قرآن از روش‌های گوناگونی استفاده کرده که آن‌ها را به این صورت می‌توان دسته‌بندی کرد:

الف) توجّه به مباحث لغت‌شناسی: (پاره‌ای از برداشت‌های نادرست، ناشی از بی‌توجّهی به مباحث لغت‌شناسی و اقتضاهای زبان عربی است؛ به‌عنوان مثال، درباره‌ی آیه «و عصی آدم ربه فغوی.» او می‌نویسد:

برداشت نادرست، ناشی از اشتباه در فهم معنای «عصیان» و «غوی» می‌باشد؛ زیرا، در زبان عربی به کسی که به فرمانی که برعهده‌اش گذارده‌اند، مخالف نماید، «عاصی» گفته می‌شود. چه این امر، وجوب داشته باشد و یا غیر آن (نفل). و لفظ «غوی» به‌معنای «خاب» نیز به کار می‌رود؛ یعنی، زیان کرد. این ضرر نیز بدان علّت است که حضرت آدم به ثواب بزرگی که خدا برای او در نظر گرفته بود - در صورت صرف‌نظر از خوردن میوه ممنوع- نرسیده و آن را از دست داده است. (تنزیه الانبیاء، ص٩.)

ب) انتخاب بهترین تفسیر آیه: گاهی ظاهر آیه‌ای تاب دو تفسیر مختلف را دارد که یکی سازگار با عصمت انبیا و دیگری ناسازگار است. در این‌جا چون عصمت انبیا با ادله‌ی عقلی ثابت شده، باید تفسیری را پذیرفت که با عصمت ایشان سازگار است؛ به‌عنوان مثال، در داستان حضرت یوسف، در ذیل آیه ٢١ سوره یوسف «و لقد همّت به و هم بها.» پس از ذکر معانی مختلفی که برای واژه «همّ» ارایه داده، می‌نویسد: