سیّدمرتضی، در موضوعات متعدد علوم و فنون عقلی و نقلی آثار متعددی نگاشته است که برخی از آن‌ها چند مجلّد تحت یک عنوان و برخی شامل فقط چند صفحه‌اند. مرحوم نجّاشی و شیخ طوسی برای ایشان بیش از ٤٠ تألیف (کتاب و رساله) بر می‌شمارند. (الفهرست للطوسی، ص٩٨، رقم ٤٢١) ؛ (رجال‌النجاشی، ص٢٧٠، رقم ٧٠٨.)

سیّد محسن امین که به برخی از رساله‌های ایشان نیز اشاره کرده، به ذکر ٩٠ تألیف پرداخته است؛ (أعیان الشیعة، ج٨، ص٢١٣.) امّا سیّد مرتضی خود در مقدمه‌ی کتاب «الناصریات» که بین برخی تألیفاتش تمییز داده، شمار آن‌ها را به ١٢٣ رسانیده است.

[١٧] . صاحب کتاب رجال النجاشی. فان النجاشی فی ترجمته (ص٢٠٦) لم یصرح بأنه من مشایخه إلا أن الخوانساری فی ترجمة النجاشی فی (روضات الجنات، ص١٨) قال: «وقرأ على السیّد الشریف المرتضى أیضا كثیرا كما استفید من التضاعیف»