امام حسین(علیه‌السلام): مخالفت کردن با نصیحت بسیاری از بزرگان چون ابن عباس در عدم قیام، با گروهی اندک به جنگ لشکر انبوه رفتن، جمع بین قیام آن‌حضرت و صلح برادرشان امام‌حسن‌(علیه‌السلام) و... .

امام رضا(علیه‌السلام): پذیرش ولایتعهدی خلیفه غاصب عباسی و امام زمان(علیه‌السلام): درباره‌ی غیبت آن حضرت و ضررهای احتمالی آن.

گفتنی است که این بخش از کتاب حدود یک چهارم حجم کتاب را به خود اختصاص داده است.

شیوه‌ی مؤلّف در پاسخ‌گویی به اشکالات

مؤلّف، در اوّل بخش «تنزیه ائمه» ابتدا به ذکر قاعده‌ای کلّی در منزه دانستن امامان می‌پردازد و سپس به تک‌تک اشکالات اشاره کرده و جواب می‌دهد. وی می‌نویسد: «قد بینا فی صدر هذا الكتاب أن الأئمةع معصومون من كبائر الذنوب و صغائرها و اعتمدنا فی ذلك على دلیل عقلی لا یدخله احتمال و لا تأویل بشی‌ء. فمتى ورد على أحدهم ع فعل له ظاهر الذنب وجب أن نصرفه عن ظاهره و نحمله على ما یطابق موجب الدلیل العقلی فیهم... و إذا ثبت أن أمیر المؤمنین ع إمام فقد ثبت بالدلیل العقلی أنه معصوم من الخطاء و الزلل فلا بد من حمل جمیع أفعاله ع على جهات الحسن و نفی القبیح عن كل واحد منهما و ما كان منها له ظاهر یقتضی الذنب علمنا فی الجملة أنه على غیر ظاهره فإن عرفنا وجهه على التفصیل ذكرناه و إلا كفانا فی تكلیفنا أن نعلم أن الظاهر معدول عنه.» (تنزیه‌الانبیاء، آیه٢١٦.)

ضمن این‌که به کتاب دیگرش ـ الشافی فی الامامة ـ نیز ارجاعات فراوانی دارد.

ایشان، در نقل‌های تاریخی، بیشتر، از کتاب‌های تاریخ طبری، وقعه صفین(نصر بن مزاحم) الارشاد (شیخ مفید) تفسیر قمی، الغارات (ابراهیم‌ بن محمّد ثقفی) و مروج الذهب (مسعودی) بهره جسته است.