شهادته: قتل مسموماً من قبل الخليفة العباسي المعتصم في سنة مائتين وعشرين للهجرة ببغداد، ودفن إلى جانب جدّه موسى بن جعفر (عليهما السلام)بالكاظميّة في العراق.

قال ابن حجر: ومما اتّفق ; أنّه بعد موت أبيه بسنة واقفٌ والصبيان يلعبون في أزِقَّة بغداد إذ مرَّ المأمون، ففرّوا، ووقف محمّد، وعمره تسع سنين فألقى الله محبّته في قلبه، فقال له: يا غلام ما منعك من الانصراف ؟ فقال له مسرِعاً: يا أمير المؤمنين لم يكن بالطريق ضِيقٌ فأوسعه لك، وليس لي جُرْم فأخشاك، والظنّ بك حسن، إنك لا تضرّ من لا ذنب له. فأعجبه كلامه وحسن صورته، فقال له: ما اسمك واسم أبيك ؟ فقال: محمّد بن علي الرضا. فترحّم على أبيه وساق جواده، وكان معه بزاة للصيد، فلما بعد عن العَمَار أرسل بازاً على دُرّاجة فغاب عنه ثم عاد من الجو في منقاره سمكة صغيرة، وبها بقاء الحياة، فتعجّب من ذلك غاية العجب، ورأى الصبيان على حالهم ومحمّد عندهم، ففرّوا إلاّ محمّد، فدنا منه وقال له: ما في يدي ؟ فقال: يا أمير المؤمنين، إنّ الله تعالى خلق في بحر قدرته سمكاً صغاراً يصيدها بزاة الملوك والخلفاء، فيختبر بها سلالة أهل بيت المصطفى، فقال له: أنت ابن الرضا حقّاً، وأخذه معه فأحسن إليه...الخ.

وذكر هذه القصة ابن الصباغ المالكي في الفصول والشبراوي في