ملاصدرا ، با صراحت تمام «زبان تأویل» را پذیرفته و آن را به همۀ امور، بویژه آیات قرآنی تعمیم داده است. وی با شیوۀ تأویل به تلفیق عقل و نقل توفیق یافته، به گونه‌ای که بیشتر نوشته‌های فلسفی او مشحون از آیات قرآنی و روایات معصومان‰ بوده و تمام آثار دینی او، بویژه تفسیر او بر قرآن و شرح اصول الکافی سرشار از تأویلات عرفانی و فلسفی است.

ملاصدرا معتقد است، جمود بر ظواهر و توقف در مرحله حس و خیال راه وصول به عوالم بالاتر و معانی والاتر را مسدود می‌کند. وی بر همین اساس، از کسانی که تنها بر ظاهر قرآن و سخنان معصومان اصرار می‌ورزند، شکایت نموده و می‌گوید:

من در این زمان در میان جماعتی گرفتار شده‌ام که هرگونه تأویل و ژرف اندیشی در متون دینی را بدعت در دین می‌شمارند و در مرتبه جسم و امور جسمانی متوقف شده و از علوم الهی و معنوی و اسرار ربانی -که به وسیله پیامبران بر مردم نازل شد ـ دوری می‌گزینند.[١]

امام خمینیŠ نیز کلامی هم سنخ سخن ملاصدرا دارد. او می‌گوید:

آری، آنهایی كه چون نویسنده بیچاره از همه جا بی‌خبر دلشان زنده به حیات معرفت و محبّت الهیه نیست، مردگانی‌اند كه غلاف بدنْ قبور پوسیده آنهاست، و این غبار تن و تنگنای بدنِ مظلمْ آنها را از همه عوالم نور و نور علی نور محجوب نموده: وَ مَنْ لَمْ یجْعَلِ اللَّه لَهُ نُوراً فَما لَهُ مِنْ نور. این طایفه هر چه حدیث و قرآن از محبّت و عشق الهی و حبّ لقا و انقطاع به حق بر آنها فرو خوانند، به تأویل و توجیه آن پردازند و مطابق آرای خود تفسیر كنند. آن همه آیات لقاء و حبّ اللَّه را به لقای درخت‌های بهشتی و زن‌های خوشگل توجیه نمایند. نمی‌دانم این گروه با فقرات مناجات شعبانیه چه می‌كنند كه عرض می‌كنند: الهی، هَبْ لی كَمالَ الانقِطاعِ الَیكَ، وَ انِرْ ابْصارَ قُلوبِنا بِضِیاءِ نَظَرِها الَیکََ حَتّی تَخْرِقَ ابْصارُ القلُوبِ حُجُبَ النُّور فَتَصِلَ الی مَعدِنِ الْعَظَمَةِ وَ تَصیرَ ارواحُنا مُعَلَّقَةً بِعِزِّ قُدسِكَ. الهی، وَ اجْعَلْنی مِمّنْ نادَیتَهُ فَاجابَكَ، وَ لاحَظْتَهُ فَصَعِقَ لِجَلالِك.[٢]

هم ایشان در بیان معنای اعرفوا اللّه باللّه، پس از بیان معانی عرفانی حدیث می‌گوید:

گمان نشود كه مقصود ما از این بیانات از حدیث شریف به طریق مسلک اهل عرفان قصر كردن مفاد حدیث است به آن، تا از قبیل رجم به غیب و تفسیر به رأی باشد، بلكه دفع توهم قصر معانی احادیث وارده در باب معارف است به معانی مبذوله عرفیه. و عارف به اسلوب كلمات ائمه‰ می‌داند كه اخبار در باب معارف و عقاید با فهم عرفی عامیانه درست نیاید، بلكه ادقّ معانی فلسفیه و غایت معارف اهل معرفت را در آنها گنجانیده‌اند. و اگر كسی رجوع كند به اصول كافی و توحید شیخ صدوق، علیه الرحمه، تصدیق می‌كند این مطلب را. و منافات ندارد این معنا با

[١]. بحارالأنوار، ج ٥٤، ص ٣٠٩.

[٢]. همان، ج ٦ ، ص ٢٣٢.