هستي‌شناسي او ـ خواه صحیح و خواه غلط، خواه آگاهانه و خواه ناآگاهانه ـ مي‌تواند في‌الجمله در معرفت علمي‌اش اثرگذار باشد. دانشمندان مادی در حل مسائل علمی متأثر از بینش مادی‌اند، و علمای الهی متأثر از بینش الهی‌. این واقعیت با اصل بي‌طرفي علوم توصيفي سازگار است، چرا که هستي‌شناسي از مقولة شناخت است، و استفاده از آن ـ مانند استفاده از دستاوردهاي ديگر علوم‌ـ برای اثبات مسائل علمي بلامانع مي‌باشد. روشن است که مقصود از بي‌طرفي علوم این نيست که استفاده از نتايج علوم دیگر ممنوع است، چرا که به‌عنوان مثال، در فیزیک از ریاضیات استفاده می‌شود و حتي بعضي علمی بودن آن را در گرو ریاضی بودنش می‌دانند.[١]بي‌طرفي علمي به اين معناست که يک محقق نبايد پيش از تحقيق و بررسي دلايل و شواهد، نسبت به نتيجه تحقيق پيش‏داوري كند، يا باورهاي سنتي و اثبات‌نشده يا خواسته‌هاي خويش را در نتيجه‌گيري دخالت دهد. اما اين‌كه دليل از چه سنخي است و روش صحيح تحقيق چيست، بايد در معرفت‌شناسي بررسي و اثبات گردد.[٢]

همچنين در علوم انساني، شناخت حقيقت انسان، چگونگي رشد و تکامل او، و کمال نهایی انسان از اصول موضوعه‌اي به‌حساب

[١] دفتر همکاری حوزه و دانشگاه، اهداف جامعه‌شناسی و رابطه آن با جهان‌بینی و ایدئولوژی، [سلسله جزوات جامعه‌شناسي، ج ٣]، ص ٣٢-٣٤، به نقل از محمدتقي مصباح يزدي، جستارهايي در فلسفة علوم انساني از ديدگاه حضرت علامه آيت‌الله مصباح يزدي، ص ٢٧-٢٨. [٢] دفتر همکاری حوزه و دانشگاه، اهداف جامعه‌شناسی و رابطه آن با جهان‌بینی و ایدئولوژی، [سلسله جزوات جامعه‌شناسي، ج ٣]، ص ٣٢ـ٣١.