نوع ديگري از رابطه ميان علم و دين که بحث دربارة آن در محافل روشنفکري رواج بيشتري دارد، فرض تعارض علم و دین است. اين گزينه بدان معناست که برخي آموزه‌هاي ديني به ناچار با برخي يافته‌هاي علمي جديد تعارض پيدا مي‌کنند، و آنچه مهم است علت‌يابي رويارويي علم و دين، مشخص‌نمودن نحوة مواجهة صحيح با اين واقعيت، و تلاش براي داوري ميان اين دو در موارد تعارض است. پيش‌فرض اين گزينه آن است که اولاً قلمرو دين و علم در برخي موارد با يکديگر تداخل پيدا مي‌کنند و موضوعات و مسائلي مشترک ميان اين دو وجود دارد؛ ثانياً، نظر دين و علم دربارة مسائل مشترک الزاماً متفاوت و حتي متعارض است. از آنجا که اين نگاه در ميان متفکران غيرمسلمان و نيز روشنفکران مسلمان طرف‌داران بيشتري دارد و منشأ بسياري از مشکلات فکري و عملي در جوامع انساني شده است، با تفصيل بيشتري به اين گزينه و نقد آن مي‌پردازيم.

ناسازگاري برخي اعتقادات، ارزش‌ها، و احکام ديني با برخي