موسوی خوئینی ها از امر حج به قوه قضائیه بود که در محافل سیاسی خارجی به نوعی تغییر سیاست ایران در قبال حج تلقی شده است. امام خمینی در دیدار آقای "مشکینی" رئیس مجلس خبرگان و نمایندگان این مجلس با ایشان، درخصوص این دو مسئله گفتند:

«از اهم مسائلی که باید تذکر بدهم، مسئله ای است که به همة روحانیت و دست اندرکاران کشور مربوط می شود و همیشه نگران آن هستم که مبادا این مردمی که همه چیزشان را فدا کردند و به اسلام خدمت نموده و به ما منّت گذاشتند، به واسطة اعمال ما از ما نگران بشوند، زیرا آن چیزی که مردم از ما توقع داشته و دارند و به واسطه آن، دنبال ما و شما آمده اند و اسلام را ترویج نموده و جمهوری اسلامی را به پا کردند و طاغوت را از میان بردند، کیفیت زندگی اهل علم است. اگر خدای نخواسته مردم ببینند که آقایان وضع خودشان را تغییر داده اند، عمارت درست کرده اند و رفت و آمدهای شان مناسب شأن روحانیت نیست و آن چیزی را که نسبت به روحانیت در دل شان بوده است از دست بدهند، از دست دادن آن، همان و از بین رفتن اسلام و جمهوری اسلامی همان. البته من این نکته را عرض کنم یک دسته که در معرض خطر هستند باید خودشان را حفظ کنند ولی همین ها هم باید مواظب باشند که زائد بر میزان نباشند. شما گمان نکنید که اگر با چندین اتومبیل بیرون بیایید، وجهه تان پیش مردم بزرگ می شود؛ آن چیزی که مردم به آن توجه دارند و موافق مذاق عامه است، این که زندگی شما ساده باشد.»

امام خمینی در مورد دومین مسئله نیز گفتند:

«جهت دیگری هم که باید عرض کنم، این است که الآن ایام حج است و حج از امور کشور ما و همه جاست و ما به آن توجه خاصی داریم. من آقای موسوی خوئینی ها را می شناسم و ایشان خیلی فعال بودند و خوب عمل کردند، اما چون وجودشان در دادستانی لازم بود، از این جهت امسال نمی توانند به حج بروند. هرچه فکر کردم دیدم، که آقای "کروبی" به جای ایشان مناسب است و آقای کروبی کسی است که سال های طولانی در رژیم سابق کتک خورده است و در این راه صدمة زیادی دیده اند و فرد مقاوم و صالحی است، از این جهت ایشان را امسال موقتاً می فرستیم تا ببینیم سال های دیگر چه باید بکنیم. اما مسئله ای که عرض کردم دنبال این هستند که نقطه ای پیدا کنند و بگویند، این است که حال، آقای موسوی کنار رفته اند، تبلیغ می کنند وضع ایران تغییر و سیاستش فرق کرده است. آن ها نمی دانند سیاست حج، سیاستی نیست که ما درست کرده باشیم؛ حج سیاست اسلامی است. ما از اول بنای مان براین بوده است به حج آن طوری که بوده است، عمل کنیم؛ همان طور که پیغمبر اکرم بت ها را در کعبه شکست، ما هم بت ها را بشکنیم و این بت ها که در زمان ما هستند، از آن زمان بالاتر و بدترند. ما باید همان طور که سابق عمل کرده ایم، به حج برویم و همان طور که سابق تظاهرات و راه پیمایی کردند، عمل کنیم و با