در خاتمه طبع اول تفسير گويد: در كتابخانه آستان مقدس حضرت رضا عليه السلامنسخه تفسير كاملى است در دو مجلد به شماره ۱۲۹ و ۱۳۰ به خطّ دو كاتب و هر دو به خطّ نستعليق خوش در سال ۹۴۷ و ۹۴۹ نوشته شده. جلد اول كه در سال ۹۴۹ به انجام رسيده است، تا آخر سوره توبه است و جلد دوم در ۹۴۷ از سوره يونس تا آخر قرآن و نسخه كتابخانه سلطنتى از روى اين دو جلد نوشته شده است در سال ۱۳۰۷ و ۱۳۰۹ و در چهار مجلّد تجليد شده و چاپ اول از روى آن به طبع رسيده است.
و در كتابخانه آستانه قدس چند نسخه ديگر ناقص هست كه دو نسخه آن بسيار قديم است: يكى از اواسط سوره احزاب تا آخر سوره فتح كه تاريخ كتابت آن روز يكشنبه پنجم ربيع الاول ۵۵۶ است به قلم حيدر بن محمد بن اسماعيل بن سليمان بن ابراهيم الاردلانى النيشابورى. و نسخه ديگر از اوايل سوره مزمّل است تا آخر قرآن و تاريخ كتابت آن روز يكشنبه ۲۴ جمادى الاخر ۵۵۷ است به قلم ابوزيد بن بندار بن محمد بن حسين بن حسن بن محمد بن يونس براوستانى مقيم سده من بسابوبه و دو كلمه آخر را بى نقطه نوشته اند.
و اين دو نسخه يا در عهد صاحب كتاب نوشته شده است يا اندكى پس از رحلت او.
محرّر اين سطور گويد: نسخ خطى تفسير ابوالفتوح بسيار نيست و دو سه نسخه كه ما ديده ايم، بسيار مغلوط است و خود اين بنده نسخه ناقص خطى دارم، كتابت آن در حدود سال ۹۰۰ و آن هم مغلوط است و نسخه هاى چاپ شده آن نيز درست تصحيح نشده، خصوصاً اشعار عربى آن را ممسوخ بايد گفت و ما آن چه توانستيم در تصحيح مضايقه نكرديم، گرچه وقت بسيارى مصرف كرده و تتبّع بسيار نموديم.